公募課題
2012年6月26日更新
情報解析ツールの開発、整備 （略称：情報ツール、GIR）
概要
塩基配列決定が超高速化し、コンピューターによるデータ処理が必須となった。これに加えて、関連する大規模ゲノム機能解析がイネをはじめとする重要作物で進展している。本研究では基盤情報解析から応用比較解析までこなすための情報ツールを整備し、ゲノム研究の促進を図る。
研究目的
- アノテーションを自動実行し、その結果を複数種間で比較検討できるようにする。
- 機能ドメイン情報に基づいて、遺伝子機能解析を加速化、効率化する。
- 効率的なゲノム育種を推進できる育種支援システムを構築する。
- これまでに蓄積したり新たに作出されたリソースを研究コミュニティーに提供する。
達成目標
- 1 Mb程度の長さの配列を24時間以内に自動アノテーションする。アノテーションされた２種のゲノム配列を並置して比較検討できるようにする。
- 機能ドメイン情報に基づき、実験検証と併せて、作物の遺伝子機能マイニングを行う。
- イネにおいて主要なQTLや遺伝子の情報を収集し、インタラクティブにウェブ上で俯瞰可能にする。
- 5年間でイネ完全長cDNAを15,000クローン、Tos17挿入変異系統を3500系統、遺伝解析材料を150セット程度、配布する。
研究内容
- 主要なイネ科作物において、ゲノム配列が既に決定され、あるいはされつつあるので、これらゲノム及びcDNAの配列を最大限活用し、遺伝子構造及び機能を推定する。
- 期待値最大化法で得た保存モチーフをもとに、植物のタンパク質配列の機能ドメインを分類、整理する。同様の方法を核酸配列にも応用し、転写制御にかかわる配列の解析も行う。
- QTLと遺伝子について、表現型及び信頼度に応じた分類を専門家が手動で行う。このデータをコンピューター上で組み合わせ、育種結果を推定できるようにする。
- 分譲リソースの品質を重視した維持と管理を行い、情報発信を行うシステムを構築して円滑な利用を図る。
↓図をクリックすると、新しいウインドウで、大きな図が開きます
 |
実施課題一覧（〜平成24年度）
↓課題番号をクリックすると、各実施課題の研究成果を見ることができます
| 課題番号 | 実施課題名 | 課題責任者 所属機関 |
|---|---|---|
| GIR1001 | 超高速配列決定時代に対応した情報リソース開発 | 農業生物資源研究所 |
| GIR1002 | 比較ゲノム解析による遺伝子機能マイニングツールの開発と整備 | 農業生物資源研究所 |
| GIR1003 | 表現型データベース・育種支援ツールの整備 | 農業生物資源研究所 |
| GIR1004 | 研究活性化のための分譲リソースの維持・管理・提供及び研究支援 | 農業生物資源研究所 |