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プレスリリース  開発背景 開発内容 今後の展開  SALAD databaseの使い方の説明

【SALAD databaseの使い方の説明】

アクセスすると、下記のデータベースのトップページから解析が始まります。データベースのユーザーは、下記の4通りの検索法により、各自が解析をしたい遺伝子グループ(配列が似ており機能に関連がある遺伝子のグループ)を特定します。

  1. 機能解析が済んで情報が登録されている遺伝子に対するキーワード検索から遺伝子を指定
  2. Pfamサーチ(既存のドメインデータベース)で同定できる進化で保存されたドメインの有無でサーチしたグループ
  3. 各遺伝子を全データセットに対して行った相同性検索結果で、似ている方から最高50個までの遺伝子グループ
  4. ユーザーが選んだ任意の配列に対して行った相同性検索結果から、データセット中の類似遺伝子を指定
サラダデーターベースのトップページ

特定した遺伝子グループのページに飛ぶと、下記のような画面が得られます。

左は、アミノ酸配列の類似性に基づいたデンドログラム(系統樹のこと)、

右は、各遺伝子に、進化での保存モチーフがどのようなパタンで存在するかをグラフィカルに示すダイヤグラムとの組み合わせが、遺伝子のID番号(中央)と結ばれる形で構成されています。赤いIDはイネ、青いIDはシロイヌナズナ、オレンジのIDは紅藻と色分けされています。

アミノ酸配列の類似性に基づいたデンドログラムとダイヤグラム

この基本画面はマウス操作で移動・拡大、そして、モチーフ番号を選ぶことで、整列できます。これらによって、ユーザーは、自分が必要な情報をビジュアル的に判断することができます。下記は、整列をした例を示します。

モチーフでアライメント
これにより、ユーザーは一番似ている遺伝子を簡単に選ぶことができます。

また、ユーザーは、分子進化系統樹(遺伝子の進化過程を推定できる)を作成できます。
モチーフを選んでそのダイアグラムをクリックするだけで、モチーフ内NJ樹を表示できる

さらに、どのアミノ酸が進化上保存されているかをロゴ表示(頻度が高いものを大きな表示へ。)させることにより、調べることができます。

各グレードごとに配列ロゴが作成できるので、グレードで保存されているアミノ酸が一目瞭然

最後に、ユーザーが、各自が解析配列を、サーバーに送ることで、SALAD解析した結果をインタラクティブに返す機能もあります。

ユーザーがファスタ形式の配列ファイルをサーバーに送ると、サーバーはユーザーに解析終了をメールでお知らせする。ユーザーはメールに記載のアドレスにアクセスすることで解析結果を閲覧することができる。

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