アグリ・ゲノム研究の総合的な推進 [(旧)食料供給力向上のためのグリーンテクノ計画] ― イネゲノム研究 ―

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イネ・ゲノムシミュレーターの開発(〜平成16年度)
(略称:シミュレーター、SY)

概 要 研究課題名等 研究成果の公表

最終更新日: 2007/06/20
研究成果 (平成10年度〜平成16年度)

課題番号 発表区分 著者名:
タイトル
雑誌名・学会名・URL 巻(号): ページ (発表年)
SY1101 原著論文 Sakata,K., Numa,H. et.al.:
RiceGAAS.
Nucleic Acids Res. Molecular Biology Database Collection, (Jan. 2003)
SY1101 原著論文 Katsumi Sakata, Yoshiaki Nagamura, Hisataka Numa, Baltazar A. Antonio, Hideki Nagasaki, Atsuko Idonuma, Wakako Watanabe, Yuji Shimizu, Ikuo Horiuchi, Takashi Matsumoto, Takuji Sasaki and Kenichi Higo:
RiceGAAS: an automated annotation system and database for rice genome sequence.
Nucleic Acids Research 30(1) 98-102 (2002)
SY1101 原著論文 Katsumi Sakata, Baltazar A. Antonio, Yoshiyuki Mukai, Hideki Nagasaki, Yasumichi Sakai, Kazuyoshi Makino and Takuji Sasaki:
INE: a rice genome database with an integrated map view.
Nucleic Acids Research 28(1) 97-101 (2000)
SY1101 学会発表 Ashikawa, I. et al.:
Chromosomal domain-based regulation of gene expression in rice.
Plant and Animal Genome XII (2004)
SY1101 学会発表 芦川育夫 他:
イネゲノム上のCpG cluster解析により示されたゲノムのセグメント構造
日本育種学会第104回講演会、第5巻 別冊2号 158ページ (2003)
SY1101 学会発表 沼寿隆 他:
イネゲノム自動アノテーションシステムRiceGAASの現状:2003
第26回日本分子生物学会年会、2PA-057 (2003)
SY1101 学会発表 Numa,H. et al.:
An automated rice genome annotaion by RiceGAAS.
Proceedings of 14th Genome Sequencing & Analysis Conference, 83 (2002)
SY1101 学会発表 沼寿隆 他:
イネゲノム自動アノテーションシステム:RiceGAAS.
第25回日本分子生物学会年会、2P-0048 (2002年12月)
SY1101 学会発表 芦川育夫 他:
イネ染色体上のCpG clusterの分布.
第25回日本分子生物学会年会、2P-0049 (2002年12月)
SY1101 Webサイト 沼寿隆 他:
イネ用遺伝子領域予測プログラムRiceHMM.
(2000年7月より継続して公開中)
SY1102 学会発表 Y. Ito, I. Ohta, Y. Mukai, S. Naito, B. A. Antonio, A. Shimano, M. Masukawa, M. Shibata, M. Yamamoto, K. Arikawa, Y. Sakai, K. Makino, K. Sakata, N. Namiki, T. Matsumoto, T. Sasaki.:
Rice Annotation Database (RAD) : A contig-oriented database for high-quality manual annotation at RGP
International Rice Genome workshop. (2003.Feb.5-7)
SY1102 学会発表 Y. Ito, I. Ohta, Y. Mukai, S. Naito, B. A. Antonio, A. Shimano, M. Masukawa, M. Shibata, M. Yamamoto, K. Arikawa, Y. Sakai, K. Makino, K. Sakata, N. Namiki, T. Matsumoto, T. Sasaki.:
Rice Annotation Database (RAD) : A contig-oriented database for map-based informatics.
The 7th International Congress of Plant Molecular Biology (2003.June 23-28)
SY1102 学会発表 Y. Ito. I. Ohta, Y. Mukai, B. A. Antonio, M. Shibata, M. Yamamoto, Y. Ito, K. Sakata, N. Namiki, T. Matsumoto, T. Sasaki:
Current status of Rice Annotation Database (RAD)
2003 Genome Informatics Workshop, 2003 Genome Informatics Series No 14. Edited by M.Gribskov, M. Kanehisa,, S. Miyano, T. Takagi., UAP Inc, Tokyo, Japan 661-662 (2003 Dec 14-17)
SY1102 学会発表 Yuichi Ito, Isamu Ohta, Yoshiyuki Mukai, Shinji Naito, Baltazar A. Antonio, Atsuko Shimano, Masatoshi Masukawa, Michie Shibata, Mayu Yamamoto, Kohji Arikawa, Yasumichi Sakai, Kazuyoshi Makino, Katsumi Sakata, Nobukazu Namiki, Takashi Matsumoto, Takuji Sasaki:
RAD: Rice Annotation Database.
Genome Informatics Series No 13. Edited by Richard H. Lathrop, K. Nakai, S. Miyano, T. Takagi, M. Keanehisa:, UAP Inc, Tokyo, Japan 521-522 (2002)
SY1102 学会発表 伊藤裕一, 太田勇, 向井喜之, 内藤慎司, BaltazarA.Antonio, 井戸沼淳子, 増川正敏, 柴田未知恵, 山本麻裕, 有川浩司, 境泰道, 横山純理, 坂田克己, 並木信和, 松本隆, 佐々木卓治:
イネゲノムアノテーションデータベース(RAD)の開発.
第25回日本分子生物学会 (パシフィコ横浜) (2002年12月)
SY1102 Webサイト Rice Annotation Database
SY1103 学会発表 沼 寿隆, 長村 吉晃, Baltazar A. Antonio, 井戸沼 淳子, 坂田 克己, 清水 裕司, 堀内 郁雄, 伊川 浩司, 松本 隆, 佐々木 卓治, 肥後 健一:
イネゲノム自動アノテーションシステムRiceGAASの現状:2003
第26回日本分子生物学会年会,第26回日本分子生物学会年会講演要旨集,2PA-057 pp.676 (2003)
SY1103 学会発表 Hiroyuki Watanabe, Yuji Shimizu, Katsumi Sakata, Hiroshi Ikawa, Yoshiaki Nagamura, Takashi Matsumoto, Kenichi Higo:
An automated prediction system for gene functions combined with RiceGAAS (Rice Genome Automated Annotation System).
ISMB2002 (10th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology), Conference Abstract of ISMB2002, pp.83 (2002)
SY1103 Webサイト 伊川浩司、堀内郁雄、古川茂豊:
農業生物資源研究所 DNAバンク, RiceGAAS: Rice Genome Automated Annotation System
(2004年1月15日)
SY1103 Webサイト 作成者:渡辺博之, 清水裕司, 伊川浩司, 高崎真由美:
New Prediction System for Gene Functions in Rice.
SY1104 原著論文 Kitamura-Abe S, Itoh H, Washio T, Tsutsumi A, Tomita M.:
Characterization of the splice sites in gt-ag and gc-ag intorns in higher eukaryotes using full-length cDNAs.
Journal of Bioinformatics and Computational Biology 2(2): 309-331 (2004)
SY1104 原著論文 Fujimori S, Washio T, Higo K, Ohtomo Y, Murakami K, Matsubara K, Kawai J, Carninci P, Hayashizaki Y, Kikuchi S, and Tomita M.:
A novel feature of microsatellites in plants: a distribution gradient along the direction of transcription
FEBS Lett. 554(1-2):17-22 (2003 Nov 6)
SY1104 原著論文 Hiromi Kochiwa, Ryosuke Suzuki, Takanori Washio, Rintaro Saito, The RIKEN Genome Exploration Research Group Phase II Team, Hidemasa Bono, Piero Carninci, Yasushi Okazaki, Rika Miki, Yoshihide Hayashizaki, and Masaru Tomita:
Inferring alternative splicing patterns in mouse from a full-length cDNA library and microarray data.
Genome Research 12(8) 1286-1293 (2002)
SY1104 学会発表 Fujimori S, Washio T, Higo K, Ohtomo Y, Murakami K, Matsubara K, Kawai J, Carninci P, Hayashizaki Y, Kikuchi S, and Tomita M:
Biased distribution of pyrimidine-rice microsatellites in rice and Arabidopsis Full length cDNAs
International Genetic Resources Workshop on the genus Oryza (24-26 September 2003)
SY1104 学会発表 N. Kitagawa, T. Washio, S. Kosugi, T. Yamashita, K. Higo, K. Satoh, Y. Ohtomo, T. Sunako, K. Murakami, K. Matsubara, J Kawai, P. Carninci, Y. Hayashizaki, S. Kikuchi, M. Tomita:
Evidence for tissue-specific transcription regulated by alternative first exons in Oryza sativa
International Genetic Resources Workshop on the genus Oryza (24-26 September 2003)
SY1104 学会発表 H. Itoh, T. Washio, K. Higo K, Ohtomo Y, Murakami K, Matsubara K, Kawai J, Carninci P, Hayashizaki Y, Kikuchi S, and Tomita M:
Large-scale Analysis of Alternative Splicing Regulation using Full-length cDNA of Oryza sativa
International Genetic Resources Workshop on the genus Oryza (24-26 September 2003)
SY1104 学会発表 鷲尾尊規、藤森茂雄、北川統之、伊藤ひとみ、道下徹子、加来聡子、柳澤直宏、石井強太、北村さや香、阿部澄枝、冨田勝:
5種の完全長cDNA を用いた転写制御機構の比較解析
分子生物学会 (2003)
SY1104 学会発表 藤森茂雄、鷲尾尊規、北村さや香、冨田勝:
植物に特異的に見られる転写開始点付近の配列パターン
分子生物学会 (2003)
SY1104 学会発表 阿部澄枝、伊藤ひとみ、鷲尾尊規、堤耀広、冨田勝:
高等真核生物における完全長cDNAを用いたGT-AG及びGC-AGスプライスサイトの解析
分子生物学会 (2003)
SY1104 学会発表 伊藤ひとみ、鷲尾尊規、冨田勝:
情報学的手法を用いた選択的スプライシング制御配列の予測
分子生物学会 (2003)
SY1104 学会発表 北川統之、鷲尾尊規、小杉俊一、肥後健一、佐藤浩二、大友泰裕、砂子智美、村上和雄、松原謙一、河合純、カルニンチピエロ、林崎良英、菊池尚志、冨田勝:
イネ5’端読み配列および完全長cDNAを用いた選択的first exonの組織特異的な発現制御解析
分子生物学会 (2003)
SY1104 学会発表 石井強太、柳澤直宏、鷲尾尊規、上地珠代、吉浜麻生、中尾彰宏、剣持直哉、冨田勝:
ヒトリボソームタンパク質遺伝子の転写・翻訳機構に関する大規模解析
分子生物学会 (2003)
SY1104 学会発表 藤森茂雄, 鷲尾尊規, 千田慶太郎, 肥後健一, 大友泰裕, 村上和雄, 松原謙一, 河合純, カルニンチ ピエロ, 林崎良英, 菊池尚志, 冨田勝:
植物の転写領域及び転写開始点上流におけるSSRs(Simple SequenceRepeats)の解析.
2002年日本分子生物学会 (2002)
SY1104 学会発表 東憲児, 鷲尾尊規, 肥後健一, 大友泰裕, 村上和雄, 松原謙一, 河合純, PieroCarninci, 林崎良英, 菊地尚志, 冨田勝:
イネにおける転写開始の揺らぎはTATAボックス下流28bpに特異的な"CA"の有無に起因する.
2002年日本分子生物学会 (2002)
SY1104 学会発表 北川統之, 東憲児, 鷲尾尊規, 肥後健一, 大友泰裕, 村上和雄, 松原謙一, 河合純, PieroCarninci, 林崎良英, 菊池尚志, 冨田勝:
イネ5'端読みESTとゲノム配列を用いたAlternative First Exonの解析.
2002年日本分子生物学会 (2002)
SY1104 学会発表 松崎建君, 千田慶太郎, 石井強太, 柳澤直宏, 大山貴輝, 加来聡子, 伊藤ひとみ, 櫻井敦, 小知和裕美, 藤森茂雄, 沼田興治, 鹿島剛輝, 服部亮, 東憲児, 鷲尾尊規, 冨田勝:

2002年日本分子生物学会 (2002)
SY1104 学会発表 鈴木良介, 小知和裕美, 櫻井敦, 伊藤ひとみ, 源崇雄, 鷲尾尊規, 菊池尚志, 肥後健一, 大友泰裕, 村上和雄, 松原謙一, 河合純, ピエロ・カルニンチ, 林崎良英, 冨田勝:
イネ完全長cDNAと他植物との比較によるイントロンおよび選択的スプライシングサイトの検出.
分子生物学会 (ポスター) 1P-057 (2001)
SY1104 学会発表 小知和裕美, 鈴木良介, 伊藤ひとみ, 源崇雄, 鷲尾尊規, 菊地尚志, 肥後健一, 大友泰裕, 村上和雄, 松原謙一, 河合純, PieroCarninci, 林崎良英, 冨田勝:
イネ完全長cDNAの選択的スプライシングサイトおよびイントロンの検出.
分子生物学会 (ポスター) 1P-061 (2001)
SY1104 学会発表 櫻井敦, 鷲尾尊規, 菊池尚志, 肥後健一, 大友泰裕, 村上和雄, 松原謙一, 河合純, カルニンチ ピエロ, 林崎良英, 冨田 勝:
完全長cDNAとゲノム配列を利用したイントロンの位置解析.
分子生物学会 (ポスター) 1P-062 (2001)
SY1104 学会発表 熊谷禎洋, 鷲尾尊規, 肥後健一, 大友泰裕, 村上和雄, 松原謙一, 河合純, ピエロ・カルニンチ, 林崎良英, 菊池尚志, 冨田勝:
イネ完全長cDNAにおける二次構造の網羅的解析.
分子生物学会 (ポスター) 3P-003 (2001)
SY1104 学会発表 藤森茂雄, 鷲尾尊規, 肥後健一, 大友泰裕, 村上和雄, 松原謙一, 河合 純, ピエロカルニンチ, 林崎 良英, 菊池 尚志, 冨田 勝:
イネ・ヒト・アラビドプシス完全長cDNAとゲノム配列におけるSSRs (Simple Seguence Repeats) の統計的解析.
分子生物学会 (ポスター) 4P-077 (2001)
SY1104 学会発表 山下智也, 鹿島剛輝, 東憲児, 鷲尾尊規, 肥後健一, 大友泰裕, 村上和雄, 松原謙一 , 河合純, ピエロ・カルニンチ, 林崎良英, 菊池尚志, 冨田 勝:
イネ完全長cDNAにおける転写開始点とPolyAサイトの多様性解析.
分子生物学会 (ポスター) 4P-078 (2001)
SY1104 学会発表 H. Itoh, T. Washio, M. Tomita.:
Evidence for A Combinatorial Model of Alternative Splicing Regulatory Mechanisms Predicted from Computational Comparative Approaches
Pacific Symposium on Biocomputing
SY1104 学会発表 N. Kitagawa, T. Washio, S. Kosugi, T. Yamashita, K. Higo, K. Satoh, Y. Ohtomo, T. Sunako, K. Murakami, K. Matsubara, J Kawai, P. Carninci, Y. Hayashizaki, S. Kikuchi, M. Tomita:
Evidence for Tissue-specific Transcription Regulated by Alternative First Exons in Rice
Pacific Symposium on Biocomputing
SY1104 学会発表 T. Washio, H. Itoh, N. Kitagawa, H. Kochiwa, M. Tomita:
Large scale analyses of alternative splicing regulatory mechanisms using full-length cDNAs.
Pacific Symposium on Biocomputing
SY1105 原著論文 Hideo Matsumura, et al.:
Overexpression of Bax inhibitor suppresses the fungal elicitor-induced cell death in rice (Oryza sativa L) cells.
The Plant Journal 33(3): 425-434 (2003)
SY1105 原著論文 Matsumura Hideo, et al.:
Gene expression analysis of plant host-pathogen interactions by SuperSAGE.
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100: 15718-15723 (2003)
SY1105 学会発表 Matsumura Hideo, et al.:
SuperSAGE: A universal functional genomics tool for eularyote
Plant&Animal Genome XII (2004)
SY1105 学会発表 Matsumura Hideo., et al.:
Overexpression of Bax-inhibitor suppresses the fungal elicitor-induced cell death in rice cells.
3rd International Rice Blast Conference, p37 (2002)
SY1105 学会発表 松村英生:
EXPLORATION OF RICE DEFENSE-RELATED GENES USING SAGE (SERIAL ANALYSIS OF GENE EXPRESSION).
Plant, animal and microbe genome X (Poster) P741 (2002)
SY1105 学会発表 松村英生:

SAGE 2001 meeting Frontiers in transcriptome exploration (2001)
SY1106 原著論文 Kitano, H.:
Cancer as a robust system: implications for anticancer therapy.
Nature Reviews Cancer 4(3):227-235 (2004)
SY1106 原著論文 Hucka, M., Finny, A., Sauro, H., Doyle, J., Kitano, H., et al.:
The systems biology markup language (SBML): a medium for representation and exchange of biochemical network models.
Bioinformatics 19(4): 524-531 (2003)
SY1106 原著論文 T. Yokoyama, N. Izu, K. Watanabe, T. Kudoh, et.al.:
Design and Implementation of RHiNET-2/NI0: A Reconfigurable Network Interface for Cluster Computing.
IEICE Transaction Vol.E86-D No.5 pp.789-795 (2003)
SY1106 原著論文 M. Uno, Y. Shibata, H. Amano:
Implementation of Data Driven Applications on a Multi-Context Reconfigurable Device.
IEICE Transaction Vol.E86-D No.5 pp.841-849 (2003)
SY1106 原著論文 Yi, Tau-Mui.; Kitano, H.; Simon, M.:
A quantitative characterization of the yeast heterotrimeric G protein cycle.
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100(19): 10764-10769 (2003)
SY1106 原著論文 Kitano, H.:
A graphical notation for biochemical networks.
BIOSILICO. 1, 5, 169-176 (2003)
SY1106 原著論文 Funahashi, A.; Morohashi, M.; Kitano, H.; Tanimura, N.:
CellDesigner: a process diagram editor for gene-regulatory and biochemical networks.
BIOSILICO. 1, 5, 159-162 (2003)
SY1106 原著論文 舟橋啓; 諸橋峰雄; Hucka, M.; Finney, A.; Sauro, H.; Bolouri, H.; Doyle, J.; 北野宏明:
システムバイオロジーにおけるソフトウェア基盤.
Nature. 423, 6940, Insight, 48-57 (2003)
SY1106 原著論文 Kitano, H.:
Cancer robustness: tumour tactics
Nature. 426, 6963, 125 (2003)
SY1106 原著論文 Sauro, H.; Hucka, M.; Finny, A.; Wellock, C.; Bolouri, H.; Doyle, J.; Kitano, H.:
Next Generation Simulation Tools: The Systems Biology Workbench and BioSPICE Integration.
Omics, 7, 4, 355-372 (2003)
SY1106 原著論文 田中信, 倉田博之, 大橋健:
実数値遺伝的アルゴリズムのための優性方向優先探索.
情報処理学会研究報告(IPSJ SIG Technical Report ), MPS-45, 9-12, Las Vegas, Nevada, USA (2003年6月24日)
SY1106 原著論文 Shin Tanaka, Hiroyuki Kurata, Ken Ohashi:
Dominant direction priority searching method for real-coded genetic algorithm.
Proceedings of the International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications PDPTA'03, 1113-1119, Las Vegas, Nevada, USA (2003, June 23)
SY1106 原著論文 Akashi, H. Kurata, H., Seki, M., Taira, K., Furusaki, S.:
Screening for transgenic plant cells that highly express a target gene from genetically mixed cells.
Biochem. Eng. J. 10, 175-182 (2002)
SY1106 原著論文 Hiroaki Kitano:
Looking beyond the details: a rise in system-oriented approaches in genetics and molecular biology.
Current Genetics Vol.41 pp.1-10 (Apr. 2002)
SY1106 原著論文 Kitano, H.:
A Graphical Notation of Biochemical Networks.
ICSB2002 workshop on SBML/SBW (Stockholm) (2002)
SY1106 原著論文 Mineo Morohashi, Amanda E. Winn, Mark T. Borisuk, Hamid Bolouri, John Doyle, and Hiroaki Kitano:
Robustness as a measure of plausibility in models of biochemical networks.
J. Theor. Biol. 216(1) 19-30 (2002)
SY1106 原著論文 Hiroaki Kitano:
Computational systems biology.
Nature 420 (6912) 206-210 (2002)
SY1106 原著論文 Hiroaki Kitano:
Standards for modeling.
nature biotechnology Vol.20 p.337 (Apr. 2002)
SY1106 原著論文 Naoyuki Izu, Tomonori Yokoyama, Jun-ichiro Tsuchiya, Konosuke Watanabe, and Hideharu Amano:
RHiNET/NI: A reconfigurable network interface for cluster computing.
Proceedings of International Conference on Field-Programmable Logic and Applications pp.1118-1121 (Sep. 2002)
SY1106 原著論文 Naoto Kaneko and Hideharu Amano:
A general hardware design model for multicontext FPGAs.
Proceedings of International Conference on Field-Programmable Logic and Applications, pp.1037-1047 (Sep. 2002)
SY1106 原著論文 H. El-Samad, M. Khammash, H. Kurata, and J. Doyle:
Robustness analysis of the heat shock response in E. coli
Proceedings of the 2002 American Control Conference Vol.3 1742 -1747, IEEE (2002)
SY1106 原著論文 Hiroaki Kitano:
Systems Biology: A Brief Overview.
Science Vol.295 pp.1662-1664 (Mar. 2002)
SY1106 原著論文 長名保範, 安生健一朗, 天野英晴:
Reconfigurable Hardwareによる細胞シミュレータの高速化手法.
情報処理学会研究報告 ARC2002-148-8, pp.43-48 (37377)
SY1106 原著論文 田村友紀, 濱橋秀互, 安生健一朗, 大浪修一, 北野宏明, 天野英晴:
細胞系譜構築システムのReconfigurable Systemによる高速化.
信学技報 CPSY2001-81 (2002)
SY1106 原著論文 H. Kurata, H. El-Samad, T.-M. Yi, M. Khammash, J. Doyle:
Feedback regulation of the heat shock response in E. coli.
Proceedings of the Control and Decision Conference Vol.1 837-842 (2001)
SY1106 原著論文 金子直人, 宇野正樹, 渡邊幸之介, 山本淳二, 工藤知宏, 天野英晴:
ハードウエア設計のマルチコンテキスト化手法.
信学技報 CPSY2001-80 (2001.11)
SY1106 総説 Funahashi, A.; Kitano, H.:
CellDesigner: Biochemical network editor.
SBML/SBW Forum (USA) (May 11, 2003)
SY1106 総説 Funahashi, A.; Kitano, H.:
Current implementation of CellDesigner and KEGG to SBML converter.
First SBML Hackathon (Virginia, USA) (July 28-Aug. 1, 2003)
SY1106 総説 倉田博之:
代謝シミュレーションの新展開
生物工学会誌 (2003)
SY1106 総説 清水奈津美, 倉田博之:
コンピュータエイデッドなバイオシステムへの利用.
In:ソフトウエアバイオロジー,31-35 化学工学会バイオ部会生物情報分野専門分科会 (2003)
SY1106 総説 大浪修一:
線虫C. elegansの胚発生シミュレーションへの挑戦
Computer Today No.108 14-19 (2002)
SY1106 総説 北野宏明:
システムバイオロジーの展望.
Computer Today No.108 4-7 (2002)
SY1106 総説 諸橋峰雄:
SBMLとSBW:ソフトウェアの標準化と統合.
Computer Today No.108 8-13 (2002)
SY1106 総説 Michael Hucka, Andrew Finney, Herbert Sauro, Hamid Bolouri, John Doyle, and Hiroaki Kitano:
The ERATO systems biology workbench: an integrated environment for multiscale and multitheoretic simulations in systems biology.
In Kitano (ed) Foundations of systems biology, MIT Press, MA pp 125-143 (2001)
SY1106 総説 Hiroaki Kitano:
Systems Biology: Toward system-level understanding of biological systems.
In Kitano (ed) Foundations of systems biology, MIT Press, MA pp 1-36 (2001)
SY1106 総説 Shuichi Onami, Shugo Hamahashi, Masao Nagasaki, Satoru Miyano, and Hiroaki Kitano:
Automatic acquisition of cell lineage through 4D microscopy and analysis of early C. elegans embryogenesis.
In Kitano (ed) Foundations of systems biology, MIT Press, MA pp 39-55 (2001)
SY1106 総説 Shuichi Onami, Koji M. Kyoda, Mineo Morohashi, and Hiroaki Kitano:
The DBRF method for inferring a gene network from large-scale steady-state gene expression data.
In Kitano (ed) Foundations of systems biology, MIT Press, MA pp 59-75 (2001)
SY1106 総説 大浪修一, 北野宏明:
線虫C. elegans初期胚発生メカニズム解明に向けてのシステムバイオロジー戦略
医学のあゆみ 199(13) 835-840 (2001)
SY1106 総説 Hucka, M.; Finney, A.; Sauro, H.; Bolouri, H.; Doyle, J.; Kitano, H.:
The ERATO Systems Biology Workbench:Architectural Evolution.
ICSB2001 (Caltech) (Nov. 4-7, 2001)
SY1106 総説 Finney, A.; Hucka, M.; Sauro, H.; Bolouri, H.; Doyle, J.; Kitano, H.:
The Systems Biology Markup Language (SBML): A Standard for the Exchange of Biochemical Network Models.
ICSB2001 (Caltech) (Nov. 4-7, 2001)
SY1106 その他出版物 井上貴博, 倉田博之:
アンモニア同化システム制御の解析.
In: ソフトウエアバイオロジー 14-18 化学工学会バイオ部会生物情報分野専門分科会 (2002)
SY1106 その他出版物 岩崎麗, 倉田博之:
大腸菌熱ショック応答のフイードバック/フィードフォワード制御.
In: ソフトウエアバイオロジー 9-13 化学工学会バイオ部会生物情報分野専門分科会 (2002)
SY1106 その他出版物 倉田博之:
コンピュータエイデッドなバイオシステムの構築.
In: バイオプロセスシステムエンジニアリング, 289-300 シーエムシー出版 (2002)
SY1106 学会発表 Bolouri, H.; Hucka, M.; Finney, A.; Sauro, H.; Funahashi, A.; Bornstein, B.; Kovitz, B.; Keating, S.; Matthews, J.; Shapiro, B.; Doyle, J.; Kitano, H.:
The Systems Biology Workbench(SBW) Version 1.0: Framework and Modules.
PSB2003, Hawaii (Jan. 3-7, 2003)
SY1106 学会発表 Kitano, H.:

NIEHS/VBI Conference-Toxicogenomics Through the Eyes of Informatics-, NIH, Bethesda, USA (invited) (May 12, 2003)
SY1106 学会発表 Kitano, H.:
From the Cutting-Edge Front of Systems Biology - Systems-Biological Approach for Understanding Cellular Functions: Promise and Problems -
BIOLOGY AND BIOMEDICAL SCIENCES Seminar, Washington University in St. Louis (invited) (May 15, 2003)
SY1106 学会発表 Kitano, H.:
A Systems Biology Approach to Understanding Cellular Functions.
Beyond Genome 2003, San Diego (invited) (June 19, 2003)
SY1106 学会発表 Kitano, H.:
Systems Biology Approach to Understand Cellular Functions.
The 5th International Workshop on Advanced Genomics, Yokohama (invited) (June 27, 2003)
SY1106 学会発表 Kitano, H.:
Toward the Theory of Biological Robustness.
Pathways, Networks and Systems: Theory and Experiments, Greece (invited) (Oct. 2, 2003)
SY1106 学会発表 Kitano, H.:
Systems-biological approach for understanding cellular functions: promise and challenges.
ICSB2003, Washington University in St Louis (featured) (Nov. 6, 2003)
SY1106 学会発表 Tanaka, H.; Kitano, H.; et al.:
Analysis of robustness in budding yeast mating signal transduction network.
ICSB2003, Washington University in St Louis (Nov. 5-10, 2003)
SY1106 学会発表 Funahashi, A.; Tanimura, N.; Kitano, H.:
CellDesigner: A Process Diagram Editor for Gene-regulatory and Biochemical Networks.
ICSB2003, SBML/SBW workshop, Washington University in St Louis (Nov. 5-10, 2003)
SY1106 学会発表 Hiroi, N.; Funahashi, A.; Nordling, Torbjörn EM.; Kitano, H.:
In silico analysis for anchorage independent cell cycle start mechanisms.
ICSB2003, SBML/SBW workshop, Washington University in St Louis (Nov. 5-10, 2003)
SY1106 学会発表 Kitano, H.:
Systems Biology Approach to Understand Cellular Functions.
17th International Mouse Genome Conference, Germany (invited) (Nov. 12, 2003)
SY1106 学会発表 Kitano, H.:
Systems-biological approach for understanding cellular functions: promise and challenges.
GBF bioinformatic seminar, Germany (invited) (Nov. 12, 2003)
SY1106 学会発表 Kitano, H.:
Biological systems as robust systems: toward a theory of biological robustness.
International Symposium of 21st Century COE Program, Keio University: Understanding and Control of Life's Function via Systems Biology, Keio Univ. (invited) (Nov. 20, 2003)
SY1106 学会発表 Kitano, H.:
Systems biology approach to understand cellular functions.
Bordeaux Univ. Seminar, Bordeaux Univ. (invited) (Dec. 11, 2003)
SY1106 学会発表 北野宏明:
システムバイオロジー小講演
東京大学生産技術研究所 (招待講演) (Jan 27, 2003)
SY1106 学会発表 北野宏明:
システム生物学
シンポジウム:「ゲノム科学の統合的推進に向けて:日本の計画・世界の計画」, 理化学研究所 横浜研究所 (招待講演) (March 11, 2003)
SY1106 学会発表 北野宏明:
ロバストシステムとしての生命
「ゲノムが意図する”生命の戦略”解明」シンポジウム, 日本学術会議講堂 (招待講演) (May 23, 2003)
SY1106 学会発表 北野宏明:
システムバイオロジーの展望
科学技術政策研究所所内講演会, 科学技術政策研究所 (招待講演) (July 23, 2003)
SY1106 学会発表 北野宏明:
Systems Biology Approach to Understand Cellular Functions.
文部科学省科学技術振興調整費「システム生物学者育成プログラム」シンポジウム: システム生物学の展開と人材育成, 慶應義塾大学 (招待講演) (July 26, 2003)
SY1106 学会発表 北野宏明:
ロバストシステムとしての生命
第43回生化学若い研究者の会夏の学校, 国立オリンピック記念青少年総合センター (招待講演) (Aug. 8, 2003)
SY1106 学会発表 北野宏明:
システムバイオロジーの展開 -生物学の新しいアプローチ-
薬剤学会将来ビジョン委員会主催シンポジウム "システム薬剤学の幕開け", 東京大学 (招待講演) (Sep 20, 2003)
SY1106 学会発表 北野宏明:
システム生物学の現状と展望
慶應義塾大学理工学部主催弁理士のための先端科学技術セミナー, 慶應義塾大学 (招待講演) (Oct. 23, 2003)
SY1106 学会発表 北野宏明:
システムバイオロジーの現状と展望
東京大学計数工学特別講義, 東京大学 (招待講演) (Oct. 28, 2003)
SY1106 学会発表 北野宏明:
システムバイオロジーの疾病治療への応用の可能性
ゲノム創薬フォーラム第6回シンポジウム 機能ゲノミクスによる創薬標的分子のインベンション, 日本薬学会長井記念ホール (招待講演) (Nov. 17, 2003)
SY1106 学会発表 北野宏明:
システムバイオロジーの現状と展望
富士総合研究所バイオインフォマティクスセミナー, 富士総合研究所 (招待講演) (Dec. 1, 2003)
SY1106 学会発表 大浪修一:
細胞および発生のダイナミクスの解明を目指して
科学技術振興事業団ERATO北野共生システムプロジェクトシンポジウム. 東京 (2003年9月19日)
SY1106 学会発表 Hiroyuki Kurata, Rei Iwasaki, Kouichi Masaki, Takayuki Tanaka, Kouji Mitsukiyo, Yoshiyuki Sumida:
CADLIVE SYSTEM: Map-based dynamic simulation of biochemical networks.
Genome Informatics Series (Eds. Gribskov M., Kanehisa, M., Miyano, S., Takagi, T.) 14:270-271, Yokohama, Universal Academy Press, INC. (December 14-17, 2003)
SY1106 学会発表 Hiroyuki Kurata:
CADLIVE for designing metabolic and gene regulatory networks.
The 9th Symposium of Young Asian Biochemical Engineers' Community, Jeju Island, Korea (Novebember 14, 2003)
SY1106 学会発表 Hiroyuki Kurata, Rei Iwasaki, Kouichi Masaki, Takayuki Tanaka, Kouji Mitsukiyo, Yoshiyuki Sumida, Hiroaki Kitano:
Map-based dynamic simulator of gene regulatory networks.
4th International Conference on Systems Biology, St. Louis, USA (November 5-9, 2003)
SY1106 学会発表 Hiroyuki Kurata:
CADLIVE for constructing and simulating biochemical networks.
11th International Conference of Intelligent Systems for Molecular Biology, Brisbane, Australia (June 30, 2003)
SY1106 学会発表 Takayuki Tanaka, Hiroyuki Kurata:
Integration of Postgenomic Data for GMA to Simulate a Metabolic Circuit.
Genome Informatics Series (Eds. Gribskov M., Kanehisa, M., Miyano, S., Takagi, T.) 14:613-614, Yokohama, Universal Academy Press, INC. (2003)
SY1106 学会発表 Yoshiyuki Sumida, Fumitaka Ohnishi, Hiroyuki Kurata:
Deterministic and Stochastic Models Analyze the Robustness of Circadian Rhythms.
Genome Informatics Series (Eds. Gribskov M., Kanehisa, M., Miyano, S., Takagi, T.) 14:611-612, Yokohama, Universal Academy Press, INC. (2003)
SY1106 学会発表 倉田博之:
生命分子間相互作用ネットワークをコンピュータ上で合成・解析するためのCADLIVEシステムの開発
第26回日本分子生物学会年会, 神戸ポートアイランド (2003年12月10-13日)
SY1106 学会発表 岩崎麗, 倉田博之:
Gillespie のアルゴリズムを用いた哺乳類細胞における時空間ダイナミクスの確率的シミュレーション
第26回日本分子生物学会年会, 神戸ポートアイランド (2003年12月10-13日)
SY1106 学会発表 光清弘治, 倉田博之:
熱ショック応答システムのインターコネクトフィードバック制御
第26回日本分子生物学会年会, 神戸ポートアイランド (2003年12月10-13日)
SY1106 学会発表 Weijiang Li., Hiroyuki Kurata:
Building common patterns of transcription factor binding sites of Escherichia coli.
Genome Informatics, Genome Informatics Series No 13. Edited by H. Matsuda, L. Wong, S. Miyano, T. Takagi, UAP Inc, Tokyo, (Poster) (2002)
SY1106 学会発表 Hiroyuki Kurata and Hiroaki Kitano:
SANAC: Mathematical simulator for elucidating the architecture of biochemical networks.
Genome Informatics, Genome Informatics Series No 13. Edited by H. Matsuda, L. Wong, S. Miyano, T. Takagi, UAP Inc, Tokyo, (Software Demonstration) (2002)
SY1106 学会発表 N.Kaneko, H.Amano:
A General Hardware Design Model for Multicontext FPGAs.
Proc. on International Conference on Field-Programmable Logic and Applications, pp.1037-1047 (Sept. 2002)
SY1106 学会発表 Baba, K., Kyoda, K., Kitano, H., Onami, S.:
A method for gene regulation inference from gene expression data of multiple deletions mutants.
The 13th International Conference on Genome Informatics (Tokyo) (Dec. 2002)
SY1106 学会発表 大浪修一:
線虫の初期胚発生−分子生物学実験とコンピューター解析−.
岡崎共同研究機構カンファレンス「脳のバイオインフォマティクス−実験系と情報系のギャップは埋められるか?−」 (岡崎) (2002年3月)
SY1106 学会発表 長名保範, 安生健一朗, 天野英晴:
Reconfigurable Hardwareによる細胞シミュレータの高速化手法.
情報処理学会研究報告 ARC148-8 (2002)
SY1106 学会発表 天野英晴:
マルチコンテキストデバイスを用いた動的適応型ハードウェアの提案.
情報処理学会研究報告 ARC150-12 (2002)
SY1106 学会発表 諸橋峰雄, 丁大橋, 山本歩, 大浪修一, 平岡泰, 北野宏明:
シミュレーションによる酵母染色体の解析のためのソフトウェア開発.
第19回染色体ワークショップ (神戸) (ポスター発表) (2002.1)
SY1106 学会発表 岩崎 麗, 光清 弘治, 倉田 博之:
熱ショック応答システムにおけるフィードバック制御とフィードフォワード制御の戦略.
第25回日本分子生物学会年会 (パシフィコ横浜) (Poster) (2002年12月)
SY1106 学会発表 京田耕司, 馬場浩太郎, 北野宏明, 大浪修一:
最少数の遺伝子制御関係で単一遺伝子破壊株遺伝子発現データを表現する遺伝子ネットワークの推定手法と酵母マイクロアレイデータへの応用.
第25回日本分子生物学会年会 (横浜) (2002年12月)
SY1106 学会発表 馬場浩太郎, 京田耕司, 北野宏明, 大浪修一:
複数遺伝子破壊株における遺伝子発現データからの遺伝子間の発現制御関係の推定手法.
第25回日本分子生物学会年会 (横浜) (2002年12月)
SY1106 学会発表 倉田博之:
生物システムのシミュレーション.
第3回コンピューテーショナルゲノミックス勉強会 (名古屋大学) (招待講演) (平成14年11月5日)
SY1106 学会発表 Kitano, H.:
Modeling Issues in Cellular Systems for Systems Biology.
Drug Discovery Japan Conference, Keio Plaza Inter-Continental Hotel, Tokyo (invited) (Jan. 28, 2002)
SY1106 学会発表 Kitano, H.:
Systems Biology Approach to Understand Complex Cellular Functions.
Joint Bio-vision Seminar organised by KI and RIKEN/GSC, Embassy of Sweden, Tokyo (invited) (Mar 19, 2002)
SY1106 学会発表 Kitano, H.:
Models of Signal Transduction.
The 79th Annual Meeting of the Physiological Society of Japan, Hiroshima Prefectural Women’s Univ. (invited) (Mar 29, 2002)
SY1106 学会発表 Funahashi, A.; Kitano, H.:
Converting KEGG DB to SBML.
SBML/SBW Forum, Oxford (July 8-9, 2002)
SY1106 学会発表 Kitano, H.:
SBML and SBW: Software platform for systems biology.
International Symposium on Macromolecular Networks, Pasteur Institute, Paris (invited) (July 8-11, 2002)
SY1106 学会発表 Kitano, H.:
Toward comprehensive simulation and analysis of intra-cellular and multi-cellular systems.
GRC on Macromolecular Organization & Cell Function, Queen's College, Oxford (invited) (Aug. 4-9, 2002)
SY1106 学会発表 Kitano, H.:
Perspectives on Systems Biology.
US-JAPAN Joint Workshop on Systems Biology of Useful Microorganisms, Tsuruoka Town Campus of Keio University (invited) (Sep. 16-20, 2002)
SY1106 学会発表 Kitano, H.; Yi, T.; Tanaka, H.:
Combining Modelling and Quantitative Measurements for Analysis of Robustness of Pheromone Response in Budding Yeast.
ICSB2002, Stockholm (invited) (Dec. 14, 2002)
SY1106 学会発表 Funahashi, A.; Kitano, H.:
Converting KEGG DB to SBML.
ICSB2002, Stockholm (Dec. 12-15, 2002)
SY1106 学会発表 Morohashi, M.; Ding, D.; Yamamoto, A.; Hiraoka, Y.; Onami, S.; Kitano, H.:
Direct role of telomere clustering and nuclear movement on chromosome pairing.
The 42nd Annual Meeting of the American Society for Cell Biology, San Francisco (Dec. 14-18, 2002)
SY1106 学会発表 田村友紀; 濱橋秀互; 安生健一朗; 大浪修一; 北野宏明; 天野英晴:
細胞系譜構築システムのReconfigurable System による高速化
電器情報通信学会コンピューターシステム研究会, パシフィコ横浜 (Jan. 23-24, 2002)
SY1106 学会発表 諸橋峰雄; 丁大橋; 山本歩; 大浪修一; 平岡泰; 北野宏明:
シミュレーションによる酵母染色体の解析のための画像処理支援ツールの開発
第19回染色体ワークショップ, 神戸 (Jan. 30-Feb. 1, 2002)
SY1106 学会発表 北野宏明:
システムバイオロジーの現状
バイオビジネス国際フォーラム, 青山ダイヤモンドホール (招待講演) (May 17, 2002)
SY1106 学会発表 北野宏明:
システム・バイオロジーの展開
国際ネットワーク大学コンソーシアム共同授業, 岐阜県県民ふれあい会館 (招待講義) (July 4, 2002)
SY1106 学会発表 北野宏明:
システムバイオロジーの現状
バイオインフォマティクス入門セミナー, 東京 (招待講演) (Sep. 13, 2002)
SY1106 学会発表 北野宏明:
癌細胞シミュレーションとシステム解析
第61回日本癌学会総会, 東京 (招待講演) (Oct. 2, 2002)
SY1106 学会発表 北野宏明:
システムバイオロジー概論
神奈川科学技術アカデミーバイオインフォマティクスコース, 東大医科研 (招待講義) (Oct. 30, 2002)
SY1106 学会発表 北野宏明:
システムバイオロジー
東京大学広域科学科特別講義, 東京大学 (招待講義) (Nov. 25, 2002)
SY1106 学会発表 諸橋峰雄; 丁大橋; 山本歩; 平岡泰; 大浪修一; 北野宏明:
染色体対合におけるテロメアクラスタと核運動の直接的作用.
第25回日本分子生物学会年会, パシフィコ横浜 (Dec. 11-14, 2002)
SY1106 学会発表 諸橋峰雄, 丁大橋, 山本歩, 大浪修一, 平岡泰, 北野宏明:
酵母の染色体上のGFP挿入部位をトラッキングするソフトウェアを用いた染色体挙動の解析
第19回 染色体ワークショップ, 神戸 (2002年1月)
SY1106 学会発表 Hiroyuki Kurata, Yoshiyuki Sumida, Shin Tanaka, Kouichi Masaki, Takayuki Tanaka, Yuki Urago, Ken Ohashi:
BIOCAD project for synthesis and analysis of gene regulatory networks.
Genome Informatics Series No 13. 467-468 Edited by H. Matsuda, L. Wong, S. Miyano, T. Takagi, UAP Inc, Tokyo (Dec16-18, 2002)
SY1106 学会発表 Tadashi Adachi, Matoba, Nana, Hiroyuki Kurata:
BIOCAD project for constructing a biological system in silico.
2001 Genome Informatics, Genome Informatics Series No 12. Edited by H. Matsuda, L. Wong, S. Miyano, T. Takagi, UAP Inc, Tokyo, Japan (ポスター) 284-285 (2001)
SY1106 学会発表 Hiroyuki Kurata, Takahiro Inoue, Yoshiyuki Sumida, Shin Tanaka, Takeshi, Ohashi.:
Simulation and system analysis of gene regulatory networks using the two-phase partition method.
2001 Genome Informatics, Genome Informatics Series No 12. Edited by H. Matsuda, L. Wong, S. Miyano, T. Takagi, UAP Inc, Tokyo, Japan (ポスター) 286-287 (2001)
SY1106 学会発表 Hiroyuki Kurata, H. Ohtake, H. El-Samad, T.-M. Yi, M. Khammash, John, Doyle:
Complexity in regulation generates the robustness in bacterial heat shock response.
4th international Conference on Biological Physics, ICBP (ポスター) (Kyoto, Japan) (2001)
SY1106 学会発表 Hiroyuki Kurata, H. Ohtake, H. El-Samad, T.-M. Yi, M. Khammash, John, Doyle:
System analysis of complex molecular networks by mathematical simulation and control theory.
9th International Conference on Inteligent Systems for Molecuar Biology (ポスター) (Kopenhagen, Denmark) (2001)
SY1106 学会発表 Kitano, H.:
Systems biology and its possible application to drug discovery.
Cambridge Healthcare Conference on Drug Discovery (2001.2)
SY1106 学会発表 Kitano, H., Mucha, M., Finny, A., Sauro, H., Bolouri, H., Yi, T., Marcus, A., Doyle, J.:
SBW/SBML Project: Software Platform for Systems Biology.
International Conference on Systems Biology, Pasadena (2001)
SY1106 学会発表 Hiroyuki Kurata, H. Ohtake, H. El-Samad, T.-M. Yi, M. Khammash, John, Doyle:
Complexity in regulation generates the robustness in bacterial molecular network.
Search for Logic of Life as Complex Systems. (ポスター) (Tokyo, Japan) (2001)
SY1106 学会発表 Kitano, H., Bolouri, H., Finney, A., Sauro, H., Hucka, M., Doyle, J.:
SBW/SBML: a software platform and standard for systems biology.
The 2nd International Conference on Systems Biology (Caltech, USA) (2001.11)
SY1106 学会発表 Kyoda, K. M., Onami, S., Kitano, H.:
The DBRF method for inferring a gene network from large-scale steady-state gene expression data.
The 2nd International Conference on Systems Biology (Caltech, USA) (Poster) (2001.11)
SY1106 学会発表 倉田博之:
生命設計支援のための大規模シミュレータ開発.
化学工学会第34回秋季大会 (北海道大学) (2001年9月30日)
SY1106 学会発表 田村友紀, 濱橋秀互, 安生健一郎, 大浪修一, 北野宏明, 天野英晴:
細胞系譜構築システムのReconfigurable Systemによる高速化.
情報処理学会 第104回システムLSI設計技術研究会、電子情報処理学会 VLSI設計技術研究会、電子情報処理学会 コンピューターシステム研究会 (パシフィコ横浜) (2001.1)
SY1106 学会発表 堤聡, 石川健一郎, 天野英晴:
ハードウェア設計のマルチコンテキスト化手法、PCAを用いた非同期WASMIIシステム構築へ向けての評価.
第19回パルテノン研究会論文集 (2001.12)
SY1106 学会発表 北野宏明, Michael Hucka, Andrew Finney, Herbert Sauro, Tau-Mu Yi, Hamid Bolouri:
システムバイオロジー基盤ソフトウェアSBW/SBMLとシグナル伝達カスケード解析事例.
第24回日本分子生物学会年会 (パシフィコ横浜) S4aD-1 (2001.12)
SY1106 学会発表 大浪修一, 濱橋秀互, 京田耕司, 山口晋一, 北野宏明:
線虫C. elegans初期胚の細胞系譜自動解析システムとシステムバイオロジー解析―現状と展望―
第24回日本分子生物学会年会 (パシフィコ横浜) S4aD-2 (2001.12)
SY1106 学会発表 倉田博之:
Complexity generates robustness in bacterial stress response.
第24回日本分子生物学会年会 (パシフィコ横浜) S4aD-5 (2001年12月12日)
SY1106 学会発表 京田耕司, 山口晋一, 大浪修一, 北野宏明:
最少数の遺伝子間相互関係で遺伝子発現データを表現する遺伝子ネットワーク推定アルゴリズム.
第24回日本分子生物学会年会 (パシフィコ横浜) (ポスター発表) 3P-771 (2001.12)
SY1106 学会発表 諸橋峰雄, 丁大橋, 山本歩, 大浪修一, 平岡泰, 北野宏明:
酵母の核運動のシミュレーション解析.
第24回日本分子生物学会年会 (パシフィコ横浜) (ポスター発表) 4P-343 (2001.12)
SY1106 学会発表 北野宏明:
SBW/SBML: システムバイオロジーソフトウエア基盤.
第24回分子生物学会 (2001)
SY1106 学会発表 Kitano, H.; Kyoda, K.; et al.:
Inference of a Gene Regulatory Network from Continuous Steady-State Gene Expression Data.
Pacific Symposium on Biocomputing, Hawaii (Jan. 2001)
SY1106 学会発表 Kitano, H.:
Perspectives of Systems Biology.
Princeton Univ., Princeton (invited). (Feb. 9, 2001)
SY1106 学会発表 Kitano, H.:
Systems biology.
Karolinska Institute (invited). (Aug. 26-28, 2001)
SY1106 学会発表 Kitano, H.:
Systems Biology: Biology in the 21st century.
TAKEOVER Symposium, Ars Electronica (invited) (Sep. 3, 2001)
SY1106 学会発表 Kitano, H.:
SBW/SBML: a software platform and standard for systems biology.
ICSB2001, Caltech (invited) (Nov. 5, 2001)
SY1106 学会発表 北野宏明:
システム・バイオロジーの基盤システム構築とGPCRシステム解析
JBICシンポジウム「生命現象のネットワークシミュレーション」, ホリディ・イン東京 (招待講演) (Sep. 14, 2001)
SY1106 学会発表 北野宏明:
システムバイオロジー基盤ソフトウェアSBW/SBMLとシグナル伝達カスケード解析事例.
第24回日本分子生物学会年会, パシフィコ横浜 (招待講演) (Dec. 12, 2001)
SY1106 Webサイト Amano Laboratory.
SY1106 Webサイト CellDesigner, KEGG2SBMLなどの公開
SY1107 Webサイト イネ学データベース2002年度版(ver. 1)
SY1108 原著論文 Kami, C., Mukougawa, K., Muramoto, T., Yokota, A., Shinomura, T., Lagarias, J. C., Kohchi, T.:
Complementation of phytochrome chromophore-deficient Arabidopsis by expression of phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase.
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(4): 1099-1104 (2004)
SY1108 原著論文 Kuno, N., Møller, S. G., Shinomura, T., Xu, X.M., Chua, N.-H., Furuya, M.:
The novel MYB protein EARLY-PHYTOCHROME-RESPONSIVE1 is a component of a slave circadian oscillator in Arabidopsis.
Plant Cell 15: 2476-2488 (2003)
SY1108 原著論文 Shinomura, T., Hanzawa, H., Furuya, M.:
Phytochromes A and B: Specificity of photoperception and structure/function analysis of bilin chromophores.
Journal of Photoscience 9: 90-93 (2002)
SY1108 総説 七夕高也, 石塚徹, 篠村知子:
遺伝子機能解析における画像処理システム
電子情報通信学会誌, 86: 945-948 (2003)
SY1108 総説 篠村知子:
フィトクロムファミリーとその生理機能分担.
植物細胞工学シリーズ第16巻「植物の光センシング」 (和田正三等編 秀潤社) pp.39-45 (2001)
SY1108 学会発表 篠村知子:
個体レベルでの遺伝子機能解析のためのイメージング装置開発と画像処理による成長計測
日本植物生理学会2004年度シンポジウム“画像処理とプラントバイオロジー: 技術的背景および現状と将来” (2004)
SY1108 学会発表 篠村知子:
イメージングシステムの開発およびイネ回旋運動解析への応用.
日本植物生理学会第43回シンポジウム/植物の回旋運動―その役割と機構 (奈良) (2003年3月27日〜3月29日)
SY1108 学会発表 Ishizuka T, Tanabata T, and Shinomura T:
Rice growth imaging system for phenotypic functional analysis from middle seedling to mature plant
Proceedings of International Genetic Resources Workshop on the Genus Oryza. pp. 81-83 (2003)
SY1108 学会発表 石塚徹, 七夕高也, 篠村知子:
イネ生育自動モニタリングシステムの開発
第26回日本分子生物学会年会, プログラム・講演要旨集, p. 1011 (2003)
SY1108 学会発表 篠村知子:
遺伝子機能解析を目指した植物生育イメージングシステムの開発
NAIST Bio-COE Seminar (2003)
SY1108 学会発表 篠村知子:
植物生育イメージングシステムの開発 ―個体の表現型における遺伝子機能の定量的な解析を目指して―
理化学研究所PSCセミナー (2003)
SY1108 学会発表 篠村知子:
遺伝子機能計測のためのイネ生育モニタリングシステムの開発
第4回ミレニアム植物科学研究プロジェクト研究成果報告会, 要旨集 pp.31-32 (2003)
SY1108 学会発表 Tanabata, T., Ishizuka, T., Takano, M., Shinomura, T.:
The Plant Growth Imaging System for the Phenotypic Functional Analysis.
International Meeting on UV/Blue Light: Perception and responses in Plants and microorganisms (The Blue Light Syndrome IV), proceedings p.63 (Okazaki) (December 16-18, 2002)
SY1108 学会発表 Takano, M., Kanegae, H., Shinomura, T., Miyao, A., Hirochika, H., Furuya, M:
Phytochrome Mutants of Rice.
Keystone Symposium of Specificity and Crosstalk in Plant Signal Transduction, January 22 - 27 (2002)
SY1108 学会発表 Tanabata, T., Ishizuka, T., Takano, M., Shinomura, T.:
The rice growth monitoring system for the phenotypic functional analysis.
The 10th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, proceedings p.67 (Edmonton, Canada) (August 3-7, 2002)
SY1108 学会発表 Shinomura, T., Hanzawa, H., Furuya, M.:
Phytochromes A and B: Specificity of photoperception and structure/function analysis of bilin chromophores.
The 1st Asian Conference on Photobiology (Awaji, Japan) (June 26-28, 2002)
SY1108 学会発表 篠村知子:
植物生育計測のためのモニタリングシステム開発の現状.
シロイヌナズナワークショップ2002 (かずさDNA研究所) (2002年10月10日〜11日)
SY1108 学会発表 石塚徹, 七夕高也, 篠村知子:
画像を活用したシロイヌナズナの葉面積変化の解析.
シロイヌナズナワークショップ2002 (かずさDNA研究所) (2002年10月10日〜11日)
SY1108 学会発表 高野 誠, 篠村知子, 鐘ヶ江弘美, 矢崎潤史, 藤井文子, 真保佳納子, 山本公子, 坂田克己,佐々木卓治, 岸本直己, 菊池尚志:
突然変異体を用いたイネフィトクロムAの機能解析.
日本植物生理学会2002年度年会, 岡山, 3月28日〜3月30日 (2002)
SY1108 Webサイト Tanabata, Ishizuka, Shinomura:
The Rice Growth Monitoring System for The Phenotypic Functional Analysis.
SY1109 学会発表 山岸徹, 石丸健, 佐々木治人:
作物学データベースのための検索用辞書の作成.
日本作物学会/第213回講演会, 日本作物学会紀事71巻(別1) : 280-281 (2002年)
SY1109 学会発表 佐々木治人, 石丸健, 山岸徹:
イネを中心とした作物学データベースの構築.
日本作物学会/第212回講演会, 日本作物学会紀事70巻(別2) : 267-268 (2001年)
SY1110 その他出版物 太田久稔・井邊時雄・安東郁男:
イネ品種特性データベース
職務作成プログラム (2003)
SY1110 学会発表 太田久稔・安東郁男・井辺時雄:
イネ品種特性データベースの構築
育種学研究 6 別2:253 (2004)
SY1110 Webサイト イネ品種・特性データベース検索システム
(7月18日公開)
SY1111 学会発表 E. Nakamura, S. Ando, H. Okuizumi, and K. Sawada:
RLGS profile image segmentation algorithm via grayscale range quantization.
Proc. VIIP2002, 469-473 (2002)
SY1111 学会発表 安藤真一, 中村栄治, 奥泉久人, 澤田克敏:
RLGS画像におけるDNAフラグメントスポット情報の自動抽出.
信学技報 (RPMU) 101, 97-104 (2002)
SY1111 学会発表 高宮知子, 村上康文, 奥泉久人:
制限酵素ランドマークゲノムスキャニング法による植物ゲノムメチレーション解析.
第25回日本分子生物学会年会 (パシフィコ横浜) , 2P-0052 (2002)
SY1111 Webサイト
SY1112 原著論文 Junshi Yazaki, Keiichi Kojima, Kouji Suzuki, Naoki Kishimoto and Shoshi Kikuchi:
The Rice PIPELINE: a unification tool for plant functional genomics.
Nucleic Acids Research Vol. 32, Database issue D383-D387 (2004)
SY1112 原著論文 Yazaki J, Shimatani Z, Hashimoto A, Nagata Y, Fujii F, Kojima K, Suzuki K, Taya T, Tonouchi M, Nelson C, Nakagawa A, Otomo Y, Murakami K, Matsubara K, Kawai J, Carninci P, Hayashizaki Y, Kikuchi S.:
Transcriptional profiling of genes responsive to abscisic acid and gibberellin in rice: phenotyping and comparative analysis between rice and Arabidopsis.
Physiol Genomics. 17(2) : 87-100 (2004)
SY1112 原著論文 Tanaka N, Fujita M, Handa H, Murayama S, Uemura M, Kawamura Y, Mitsui T, Mikami S, Tozawa Y, Yoshinaga T, Komatsu S.:
Proteomics of the rice cell: systematic identification of the protein populations in subcellular compartments.
Mol Genet Genomics. 271(5) : 566-576 (2004)
SY1112 原著論文 Nagata T, Iizumi S, Satoh K, Ooka H, Kawai J, Carninci P, Hayashizaki Y, Otomo Y, Murakami K, Matsubara K, Kikuchi S.:
Comparative analysis of plant and animal calcium signal transduction element using plant full-length cDNA data.
Mol Biol Evol. 21(10) : 1855-1870 (2004)
SY1112 原著論文 S. Kikuchi et al.:
Collection, mapping, and annotation of over 28,000 cDNA clones from japonica rice.
Science 301(5631): 376-379 (2003)
SY1112 原著論文 Junshi Yazaki et al:
Genomics approach to abscisic acid- and gibberellin-responsive genes in rice.
DNA RESEARCH 10(6): 249-261 (2003)
SY1112 原著論文 Hisako Ooka, Kouji Satoh, Koji Doi, Toshifumi Nagata, Yasuhiro Otomo, Kazuo Murakami, Kenichi Matsubara, Naoki Osato, Jun Kawai, Piero Carninci, Yoshihide Hayashizaki, Koji Suzuki, Keiichi Kojima, Yoshinori Takahara, Koji Yamamoto, and Shoshi Kikuchi:
Comprehensive Analysis of NAC Family Genes in Oryza sativa and Arabidopsis thaliana
DNA RESEARCH 10(6) : 239-247 (2003)
SY1112 原著論文 Naoki Osato, Hitomi Yamada, Kouji Satoh, Hisako Ooka, Makoto Yamamoto, Kohji Suzuki, Jun Kawai, Piero Carninci, Yasuhiro Ohtomo, Kazuo Murakami Kenichi Matsubara, Shoshi Kikuchi and Yoshihide Hayashizaki:
Antisense transcripts with rice full-length cDNAs
Genome Biology 5(1) : R5 (2003)
SY1112 原著論文 Junshi Yazaki, Naoki Kishimoto, Masahiro Ishikawa, and Shoshi Kikuchi:
The Rice Expression Database: gateway to rice functional genomics.
Trends in Plant Science 7, 563-564 (2002)
SY1112 学会発表 Setsuko Komatsu:
Rice Proteome Database: A step toward functional analysis of the rice genome.
3rd International Proteomics Conference (2004)
SY1112 学会発表 佐藤浩二, 河合純, Piero Carninti, 林崎良英, 大友泰裕, 村上和雄, 松原謙一, 志々木徹, 李朝傑, 大根田英祐, 矢作渡, 鈴木宏史, 小島恵一, 菊池尚志:
イネ(Oryza sativa)完全長cDNAデータベース(KOME)の利用
日本作物学会 (千葉大学) (2003年4月)
SY1112 学会発表 佐藤浩二, 山田仁美, 大岡久子, 土井考爾、永田俊文, 河合純, Piero Carninti, 林崎良英, 大友泰裕, 村上和雄, 松原謙一, 志々木徹, 李朝傑, 大根田英祐, 矢作渡, 山本誠, 鈴木宏史, 小島恵一, 菊池尚志:
イネ(Oryza sativa)完全長cDNAデータベース
日本育種学会 (神戸大学) (2003年9月)
SY1112 Webサイト イネ完全長cDNA.
SY1112 Webサイト イネマイクロアレイ:RMOS.
SY1112 Webサイト プロテオーム:Rice Proteome Database.
SY1112 Webサイト イネマイクロアレイ:RED.
SY1112 Webサイト Rice Pipeline
SY1113 学会発表 Minoru Yoshikawa, M. Inaba, K. Matsubara, H. Koike:
Development of a database platform for the Rice Genome Project (RGP).
Genome Informatics 2002, 523-524 (Tokyo, Japan) (2002)
SY1114 原著論文 Yonezawa M, Doi N, Higashinakagawa T, Yanagawa H.:
DNA display of biologically active proteins for in vitro protein selection.
J Biochem. 135(3) : 285-288 (2004)
SY1114 原著論文 Doi N, Kumadaki S, Oishi Y, Matsumura N, Yanagawa H.:
In vitro selection of restriction endonucleases by in vitro compartmentalization.
Nucleic Acids Res. 32(12) : e95 (2004)
SY1114 原著論文 Horisawa K, Tateyama S, Ishizaka M, Matsumura N, Takashima H, Miyamoto-Sato E, Doi N, Yanagawa H.:
In vitro selection of Jun-associated proteins using mRNA display.
Nucleic Acids Res. 32(21) : e169 (2004)
SY1114 原著論文 Kawahashi, Y., Doi, N., Takashima, H., Tsuda, C., Oishi, Y., Oyama, R., Yonezawa, M., Miyamoto-Sato, and Yanagawa, H.:
In vitro protein microarrays for detecting protein-protein interactions:Application of a new method for fluorescence labeling of proteins.
Proteomics, 3:1236-1243 (2003)
SY1114 原著論文 Miyamoto-Sato, E., Takashima, H., Fuse, S., Sue, K., Ishizaka, M., Tateyama, S.,Horisawa, K., Sawasaki, T., Endo, Y., and Yanagawa, H.:
Highly stable and efficient mRNA templates for mRNA-protein fusions and C-terminally labeled proteins.
Nucleic Acids Res., 31:e78 (2003)
SY1114 原著論文 Yonezawa, M., Doi, N., Higashinakagawa, T., and Yanagawa, H.:
DNA display for in vitro selection of diverse peptide libraries.
Nucleic Acids Res., 31:e118 (2003)
SY1114 原著論文 N. Doi, H. Takashima, M. Kinjo, K. Sakata, Y. Kawahashi, Y. Oishi, R. Oyama, E. Miyamoto-Sato, T. Sawasaki, Y. Endo, and H. Yanagawa:
Novel fluorescence labeling and high-throughput assay technologies for in vitro analysis of protein interactions.
Genome Res., 12, 487-492 (2002)
SY1114 総説 Tsuji T, Onimaru M, Kitagawa M, Kojoh K, Tabata N, Yanagawa H.:
Random multirecombinant polymerase chain reaction.
Methods Enzymol. 388 : 61-75 (2004)
SY1114 総説 宮本悦子、柳川弘志:
In vitro virusおよびタンパク質C末端ラベル化法のポストゲノム研究への応用.
化学と生物学の接点がつくるNEWバイオテクノロジー、多比良和誠、管裕明編、蛋白質 核酸 酵素 48 (11)、1474-1480 (2003)
SY1114 総説 土居信英, 柳川弘志:
タンパク質相互作用のハイスループット解析に向けて−新しい蛍光標識法とマイクロアレイ技術の融合.
Bioベンチャー、2 (No. 4), 102-105 (2002)
SY1114 その他出版物 N. Doi and H. Yanagawa:
Evolutionary Design of Generic Green Fluorescent Protein Biosensors.
In: Methods in Molecular Biology, Vol. 183, pp. 49-55, edited by B. W. Hicks, Human Press Inc., Totowa, NJ. (2002)
SY1114 学会発表 小杉俊一、長谷部雅子、松村展敬、高嶋秀昭、宮本悦子、柳川弘志:
タンパク質の核移行、核外移行の予測に向けたシグナル配列の同定
第27回日本分子生物学会年会 747 (2004)
SY1114 学会発表 小杉俊一、長谷部雅子、高嶋秀昭、宮本悦子、柳川弘志:
In vitro virus法を用いた核移行シグナルのスクリーニング
第26回日本分子生物学会年会、講演要旨集p596、神戸 (2003年12月)
SY1114 学会発表 宮本悦子, 高嶋秀昭, 石坂正道, 館山誠司, 堀沢健一, 布施紳一郎, 須恵香里, 澤崎達也, 遠藤弥重太, 柳川弘志:
In vitro virusを用いた共翻訳スクリーニング法による遺伝子ネットワーク解析システムの構築に向けて.
第25回日本分子生物学会年会、講演要旨: p173, 2P-0118 (平成14年)
SY1114 学会発表 須恵香里, 宮本悦子, 高島秀昭, 布施紳一郎, 館山誠司, 堀沢健一, 澤崎達也, 遠藤弥重太, 柳川弘志:
In vitro virus法を用いた遺伝子ネットワーク解析のためのmRNAテンプレートの構築.
第25回日本分子生物学会年会、講演要旨: p173, 2P-0119 (平成14年)
SY1114 学会発表 石坂正道, 宮本悦子, 高島秀昭, 遠藤弥重太, 澤崎達也, 柳川弘志:
In vitro virus法も用いた遺伝子ネットワーク解析システムのためのcDNAライブラリーの構築.
第25回日本分子生物学会年会、講演要旨: p173, 2P-0120 (平成14年)
SY1114 学会発表 堀澤健一, 宮本悦子, 石坂正道, 館山誠司, 須恵香里, 高嶋秀昭, 柳川弘志:
In vitro virus法を用いた蛋白質間相互作用の網羅的なスクリーニング系の構築.
第25回日本分子生物学会年会、講演要旨: p173, 2P-0121 (平成14年)
SY1114 学会発表 館山誠司, 宮本悦子, 竹内隆, 高嶋秀昭, 柳川弘志:
In vitro virus法を用いてのjumonnji遺伝子のネットワーク解析.
第25回日本分子生物学会年会、講演要旨: p173, 2P-0122 (平成14年)
SY1114 学会発表 大谷直人, 宮本悦子, 高嶋秀昭, 馬場知哉, 森浩禎, 柳川弘志:
In vitro virus法を用いた大腸菌タンパク質相互作用ネットワークの解析.
第25回日本分子生物学会年会、講演要旨: p173, 2P-0123 (平成14年)
SY1114 学会発表 清水雅史, 畠中康仁, 宮本悦子, 高嶋秀昭, 須恵香里, 土居信英, 金城政孝, 柳川弘志:
In vitro virusを用いた蛋白質間相互作用のFCCSによる解析.
第25回日本分子生物学会年会、講演要旨: p173, 2P-0124 (平成14年)
SY1114 学会発表 米沢理人, 高嶋秀昭, 土居信英, 東中川徹, 柳川弘志:
小麦胚芽の転写・翻訳系を用いたSTABLE法によるポリコーム遺伝子群の試験管内スクリーニング.
第25回日本分子生物学会年会、講演要旨: p174, 2P-0125 (平成14年)
SY1114 学会発表 小川理恵子, 高嶋秀昭, 米沢理人, 松村展敬, 宮本悦子, 金城正考, 土居信英, 柳川弘志:
C末端蛍光標識タンパク質の簡便な調製法および蛍光相互相関分光法 (FCCS) による標識蛋白質間相互作用の解析.
第25回日本分子生物学会年会、講演要旨: p174, 2P-0128 (平成14年)
SY1114 学会発表 川橋裕子, 土居信英, 高嶋秀昭, 大石祐子, 津田千鶴, 小山理恵子, 米沢理人, 宮本悦子, 柳川弘志:
マイクロアレイによるタンパク質間相互作用の解析.
第25回日本分子生物学会年会、講演要旨: p174, 2P-0129 (平成14年)
SY1114 学会発表 柳川弘志:
遺伝子ネットワークとタンパク質相互作用.
第25回日本分子生物学会年会シンポジウム「遺伝子ネットワークのin vitroからin vivo解析を目指して」、講演要旨: p11, S2aB-1 (平成14年)
SY2101 原著論文 Hirose, T., T. Miyamoto, J. Obokata and M. Sugiura:
In vitro editing system from higher plant chloroplasts.
In "RNA Interference, Editing and Modification" (J. M. Cott ed), Humana Press, Totowa, USA, pp.333-344 (2004)
SY2101 原著論文 Miyamoto, T., J. Obokata and M. Sugiura:
A site-specific factor interacts directly with its cognate RNA editing site in chloroplast transcripts.
Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 101: 48-52 (2004)
SY2101 原著論文 Hirose, T. and M. Sugiura:
Functional Shine-Dalgarno-like sequences for translational initiation of chloroplast mRNAs.
Plant Cell Physiol., 45(1): 114-117 (2004)
SY2101 原著論文 Hasegawa, K., Y. Yukawa, J. Obokata and M. Sugiura:
A tRNA(Leu)-like sequence located immediately upstream of an Arabidopsis clock-regulated gene is transcriptionally active: efficient transcription by an RNA polymerase III-dependent in vitro transcription system.
Gene 307: 133-139 (2003)
SY2101 原著論文 Sasaki, T., Y. Yukawa, T. Miyamoto, J. Obokata, M. Sugiura:
Identification of RNA Editing Sites in Chloroplast Transcripts from the Maternal and Paternal Progenitors of Tobacco (Nicotiana tabacum): Comparative Analysis Shows the Involvement of Distinct Trans-Factors for ndhB Editing.
Mol Biol Evol. 20(7): 1028-1035 (2003)
SY2101 原著論文 M. Sugiura:
History of chloroplast genomics.
Photosynthesis Res. 76 (1-3): 371-377 (2003)
SY2101 原著論文 Hasegawa, K., Y. Yukawa, M. Sugiura:
In vitro analysis of transcription initiation and termination from the Lhcb1 gene family in Nicotiana sylvestris: detection of transcription termination sites.
Plant J 33(6): 1063-1072 (2003)
SY2101 原著論文 Plader, W. and M. Sugiura:
The Shine-Dalgarno-like sequence is a negative regulatory element for translation of tobacco chloroplast rps2 mRNA: an additional mechanism for translational control in chloroplasts.
Plant J 34(3): 377-382 (2003)
SY2101 原著論文 Nagao, I. and J. Obokata:
Poly(U) motif in the 5’untranslated region enhances the translational efficiency of the beta-glucronidase mRNA in transgenic tobacco.
Plant Science, 165: 621-626 (2003)
SY2101 原著論文 Kapoor, S., M. Sugita and M. Sugiura:
In vitro characterization of plastid NCII promoter element by using plastid transcription extracts from tobacco BY-2 cultured cells.
In "Molecular Insight in Plant Biology" (P. Nath et al., eds), Science Publoshers, Inc., UK, pp.85-95 (2003)
SY2101 原著論文 Yukawa, Y. and M. Sugiura:
In vitro transcription system from BY-2 cells.
In "Biotechnology in Agriculture and Forestry", vol. "BY-2 cells" (T. Nagata, S. Hagezawa and D. Inze eds), Springer, Heidelberg, pp.265-282 (2003)
SY2101 原著論文 Nakamura, T., Y. Furuhashi, K. Hasegawa, H. Hashimoto, K. Watanabe, J. Obokata, M. Sugita and M. Sugiura:
Array-based analysis on tobacco plastid transcripts: preparation of a genomic microarray containing all genes and all intergenic regions.
Plant Cell Physiol., 44: 861-867 (2003)
SY2101 原著論文 Cloix, C., Y. Yukawa, S. Tutois, M. Sugiura and S. Tourmente:
In vitro analysis of the sequences required for transcription of the Arabidopsis thaliana 5S rRNA genes.
Plant J. 35: 251-261 (2003)
SY2101 原著論文 Keiko Hasegawa, Yasushi Yukawa, Mamoru Sugita, and Masahiro Sugiura:
Organization and transcription of the gene family encoding chlorophyll a/b-binding proteins in Nicotiana sylvestris.
Gene 289 161-168 (2002)
SY2101 原著論文 Tetsuya Miyamoto, Junichi Obokata, and Masahiro Sugiura:
Recognition of RNA editing sites is directed by unique proteins in chloroplasts: biochemical identification of cis-acting elements and trans-acting factors involved in RNA editing in tobacco and pea chloroplasts.
Mol. Cell. Biol. 22(19) 6726-6734 (2002)
SY2101 原著論文 Matsuo, M. and Obokata, J.:
Dual roles of photosynthetic electron transport in photosystem I biogenesis: light induction of mRNAs and chromatic regulation at post-mRNA level.
Plant Cell Physiol. 43: 1189-1197 (2002)
SY2101 原著論文 Masayuki Nakamura, Tatsuhiko Tsunoda, and Junichi Obokata:
Photosynthesis nuclear genes generally lack TATA-boxes: a tobacco photosystem I gene responds to light through an initiator.
Plant J. 29(1) 1-10 (2002)
SY2101 原著論文 Olivier Mathieu, Yasushi Yukawa, Masahiro Sugiura, Georges Picard, and Sylvette Tourmente:
5S rRNA genes expression is not inhibited by DNA methylation in Arabidopsis.
Plant J. 29(3) 313-323 (2002)
SY2101 原著論文 Sherameti, I., Nakamura, M., Yamamoto, Y.Y., Pfannschmidt, T., Obokata, J. and Oelmueller, R.:
Polyribosome loading of spinach mRNAs for photosystem I subunits is controlled by photosynthetic electron transport.
Plant J. 32: 631-639 (2002)
SY2101 原著論文 Yasushi Yukawa, Jaroslav Matoušek, Michael Grimm, Lukas Vrba, Gerhard Steger, Masahiro Sugiura, and Hildburg Beier:
Plant 7SL RNA and tRNA(Tyr) genes with inserted antisense sequences are efficiently expressed in an in vitro transcription system from Nicotiana tabacum cells.
Plant Mol. Biol. 50 713-723 (2002)
SY2101 原著論文 Tetsuro Hirose, and Masahiro Sugiura:
Involvement of a site-specific trans-acting factor and a common RNA-binding protein in the editing of chloroplast mRNAs: development of a chloroplast in vitro RNA editing system.
EMBO J. 20(5) 1144-1152 (2001)
SY2101 原著論文 Yuki Kobayashi, Yuko Dokiya, Masahiro Sugiura, Yasuo Niwa, and Mamoru Sugita:
Genomic organization and organ-specific expression of a nuclear gene encoding phage-type RNA polymerase in Nicotiana sylvestris.
Gene 279 33-40 (2001)
SY2101 原著論文 Takahiro Nakamura, Masaru Ohta, Masahiro Sugiura, and Mamoru Sugita:
Chloroplast ribonucleoproteins function as a stabilizing factor of ribosome-free mRNAs in the stroma.
J. Biol. Chem. 276(1) 147-152 (2001)
SY2101 原著論文 Takahiko Tsudzuki, Tatsuya Wakasugi, and Masahiro Sugiura:
Comparative analysis of RNA editing sites in higher plant chloroplasts.
J. Mol. Evol. 53 327-332 (2001)
SY2101 原著論文 Tatsuya Wakasugi, Takahiko Tsudzuki, and Masahiro Sugiura:
The genomics of land plant chloroplasts: Gene content and alteration of genomic information by RNA editing.
Photosynthesis Res. 70 107-118 (2001)
SY2101 原著論文 Philippe Arnaud, Yasushi Yukawa, Laurence Lavie, Thierry Pélissier, Masahiro Sugiura, and Jean-Marc Deragon:
Analysis of the SINE S1 Pol III promoter from Brassica; impact of methylation and influence of external sequences.
Plant J. 26(3) 295-305 (2001)
SY2101 原著論文 T. Miyamoto, J. Obokata, T. Wakasugi, and Masahiro Sugiura:
In vitro analysis of cis-elements and trans-factors for the RNA editing of tobacco chloroplast psbE and petB mRNAs.
PS 2001 Proceedings: 12th International Congress on Photosynthesis., CSIRO Publishing, Melbourne, Australia (2001)
SY2101 原著論文 J. Tsudzuki, T. Tsudzuki, T. Wakasugi, K. Kinoshita, T. Kondo, and Masahiro Sugiura:
The entire gene organization of rice chloroplast DNA---2001 update.
PS 2001 Proceedings: 12th International Congress on Photosynthesis., CSIRO Publishing, Melbourne, Australia (2001)
SY2101 原著論文 M. Sugita, T. Tsudzuki, C. Sugita, M. Ishiura, K. Ogata, H. Jikuya, J. Takano, and Masahiro Sugiura:
Genome analysis of Synechococcus sp. strain PCC6301
PS 2001 Proceedings: 12th International Congress on Photosynthesis., CSIRO Publishing, Melbourne, Australia (2001)
SY2101 原著論文 M. Nakamura, T. Tsunoda, T. Yoshitsugu, H. Hibino and J. Obokata:
Core promoter architecture characteristic of photosynthesis nuclear genes.
PS 2001 Proceedings: 12th International Congress on Photosynthesis., CSIRO Publishing, Melbourne, Australia (2001)
SY2101 原著論文 M. Matsuo, and J. Obokata:
Redox regulation of PSI nuclear genes through photosynthetic electron flow.
PS 2001 Proceedings: 12th International Congress on Photosynthesis., CSIRO Publishing, Melbourne, Australia (2001)
SY2101 原著論文 Yukawa, Y., H. Fan, K. Akama, H. Beier, H.J. Gross and M. Sugiura:
A tobacco nuclear extract supporting transcription, processing, splicing and modification of plant intron-containing tRNA precursors.
Plant J. 28: 583-594 (2001)
SY2101 総説 小保方潤一:
葉緑体から核へ移った遺伝子―新しい発現制御系はどのように生まれたか?―.
遺伝 56(4) 73-77 (2002)
SY2101 総説 杉浦昌弘:
RNAエディティングに関与するタンパク―クロロプラストの例.
生体の科学 53(2) 124-130 (2002)
SY2101 総説 湯川泰, 杉浦昌弘:
植物の in vitro 転写系.
蛋白質核酸酵素 47(5) 583-589 (2002)
SY2101 総説 小保方潤一:
転写因子結合シス配列の構造と機能.
岩渕雅樹、篠崎一雄編、 植物ゲノム機能のダイナミズム, 3-7, シュプリンガーフェアラーク出版 (2001)
SY2101 学会発表 Obokata,J.:
Chloroplast RNA editing in higher plants: cis-elements and trans-acting factors identified by In vitro systems.
Gordon Research Conference of RNA editing, (Ventura, CA) (invited talk) (January19-24, 2003)
SY2101 学会発表 大谷将人、吉次友昭、長谷川桂子、湯川泰、杉浦昌弘、小保方潤一:
In vitro転写系を用いた植物転写開始シグナルの包括的解析
日本植物生理学会2003年度年会、東大阪市 (2003年3月27日〜29日)
SY2101 学会発表 湯川眞希、續伯彦、杉浦昌弘:
タバコ属植物葉緑体における比較ゲノム解析II
日本植物生理学会2003年度年会、東大阪市 (2003年3月27日〜29日)
SY2101 学会発表 小川知之、伊藤有紀、山内亮、長谷川桂子、松尾充啓、中邨真之、湯川泰、近藤鋭治、木下邦則、小保方潤一、續伯彦、杉浦昌弘:
イネ葉緑体遺伝子発現ナビゲーター
日本植物生理学会2003年度年会、東大阪市 (2003年3月27日〜29日)
SY2101 学会発表 杉山康雄、長瀬正和、渡瀬雄介、茂森舞、軸屋博之、平井篤志、杉浦昌弘:
タバコミトコンドリアのゲノム解析とデータベースの構築
日本植物生理学会2003年度年会、東大阪市 (2003年3月27日〜29日)
SY2101 学会発表 湯川泰、小川知之、續伯彦、杉浦昌弘:
バイスループットin vitro転写系を用いたシロイヌナズナ及びイネ核tRNAのゲノムワイド解析
日本植物生理学会2003年度年会、東大阪市 (2003年3月27日〜29日)
SY2101 学会発表 Sugiura, M., M. Sasaki, T. Miyamoto and J. Obokata:
Molecular mechanism of RNA editing in higher plant chloroplasts.
FEBS advanced course on origin and evolution of Mitochondria and Chloroplasts. Hvar, Croatia (invited lecture) (April 5-10, 2003)
SY2101 学会発表 Sugiura, M.:
Environmentally friendly biotechnology: case study –protein synthesis in tobacco chloroplasts.
International Conference "Biosafety in Biotechnology Research, Trials and Applications", Sofia, Bulgaria (invited lecture) (May 6-8, 2003)
SY2101 学会発表 Sugiura, M., C. Sugita, K. Ogata, H. Jikuya, J. Takano, T. Tsudzuki, and M. Sugita:
The genome of Synecococcus PCC 6301.
The 2nd German/Japapnese Binational Symposium "Functional Genomics in Cyanobacteria, Beyond Genome Sequences", Benediktberuern, Bavaria, Germany (invited lecture) (May 31-June 5, 2003)
SY2101 学会発表 Sugiura, M., T. Miyamoto, J. Obokata:
Cis-acting elements and trans-acting factors for the RNA editing of chloroplast mRNAs.
7th International Congress of Plant Molecular Biology, Barcelona, Spain (June 23-28, 2003)
SY2101 学会発表 Tsudzuki, J. T. Tsudzuki, M. Inada, M. Yukawa, M. Sugiura:
RNA editing site in pea chloroplasts transcripts.
7th International Congress of Plant Molecular Biology, Barcelona, Spain (June 23-28, 2003)
SY2101 学会発表 Nakamura, M., Yoshitsugu, T., Kikuchi, M., Hasegawa, K. and J. Obokata:
Core promoter requirement of photosystemI genes is quite different from that of the majority of plant nuclear genes.
One-overhead poster presentation in plant biology, Honolulu (July 25-30, 2003)
SY2101 学会発表 小保方潤一:
葉緑体から核への遺伝子転移:どのように転移し、どのように発現したのか?
日本植物学会第67回大会、シンポジウム 「シンビオジェネシス-葉緑体はどうやって生まれたか?-」(札幌) (2003年9月)
SY2101 学会発表 Obokata, J.:
Core promoter architecture characteristic of photosynthesis nuclear genes.
Joint Japan-Swiss scientific seminar "Biogenesis, Function and Acclimation of the photosynthetic apparatus", Kurashiki (September 2003)
SY2101 学会発表 Sugiyama, Y., S. Yagura, N. Makita, S. Tsukamoto, A. Hirai, and M. Sugiura:
Analysis of genome organization and RNA editing site in tobacco mitochondria.
第76回日本生化学会大会、横浜 (2003年10月15日〜18日)
SY2101 学会発表 Miyamoto, T., Wakasugi, T. and J. Obokata:
Recognition of RNA editing sites is directed by unique proteins in chloroplasts.
RNA 2003 Kyoto "The Frontier of RNA Science", Kyoto (November 24-27,2003)
SY2101 学会発表 Nagao, I., Masuyama, K. and J. Obokata:
Systematic enrichment of translational regulatory elements (SETRE).
RNA 2003 Kyoto "The Frontier of RNA Science", Kyoto (November 24-27,2003)
SY2101 学会発表 宮本徹也、小保方潤一、杉浦昌弘:
葉緑体RNAエディティングにおけるエディティング部位認識機構
第26回日本分子生物学会年会、神戸ポートアイランド(口頭発表) (2003年12月10日〜13日)
SY2101 学会発表 平井克明、湯川泰、杉浦昌弘:
植物 in vitro 転写系によるtRNA遺伝子の転写開始点の同定
第26回日本分子生物学会年会、神戸ポートアイランド(口頭発表) (2003年12月10日〜13日)
SY2101 学会発表 大谷将人、吉次友昭、長谷川桂子、湯川泰、杉浦昌弘、小保方潤一:
in vitro 転写系を用いた転写開始シグナルの包括的解析
第26回日本分子生物学会年会、神戸ポートアイランド(口頭発表) (2003年12月10日〜13日)
SY2101 学会発表 河野恒賢、中村崇裕、湯川眞希、杉浦昌弘:
タバコ葉緑体 non-coding RNAの探索
第26回日本分子生物学会年会、神戸ポートアイランド(口頭発表) (2003年12月10日〜13日)
SY2101 学会発表 長谷川桂子、杉浦昌弘:
葉緑体におけるグループIイントロンを含むRNAのスプライシング機構の解析
第26回日本分子生物学会年会、神戸ポートアイランド(口頭発表) (2003年12月10日〜13日)
SY2101 学会発表 中邨真之、小川知之、伊藤有紀、近藤鋭治、木下邦則、小保方潤一、杉浦昌弘:
イネ葉緑体・光合成関連遺伝子データベース(Chloroplast Net)
第26回日本分子生物学会年会、神戸ポートアイランド(口頭発表) (2003年12月10日〜13日)
SY2101 学会発表 小川知之、湯川泰、続伯彦、近藤鋭治、木下邦則、小保方潤一、杉浦昌弘:
イネ低分子RNAの予測手法の開発
第26回日本分子生物学会年会、神戸ポートアイランド(口頭発表) (2003年12月10日〜13日)
SY2101 学会発表 松尾充啓、伊藤有紀、山内亮、近藤鋭治、木下邦則、杉浦昌弘、小保方潤一:
核に転移した葉緑体DNAの解析
第26回日本分子生物学会年会、神戸ポートアイランド(口頭発表) (2003年12月10日〜13日)
SY2101 学会発表 佐々木忠将、稲田美智、続伯彦、杉浦昌弘:
イネ葉緑体におけるRNAエディティング部位の解析
第26回日本分子生物学会年会、神戸ポートアイランド(口頭発表) (2003年12月10日〜13日)
SY2101 学会発表 続伯彦、湯川泰、小川知之、杉浦昌弘:
イネおよびシロイヌナズナからのsnRNAの in silico 探索
第26回日本分子生物学会年会、神戸ポートアイランド(口頭発表) (2003年12月10日〜13日)
SY2101 学会発表 湯川泰、続伯彦、小川知之、杉浦昌弘:
イネおよびシロイヌナズナの新規snRNAのin vitro探索
第26回日本分子生物学会年会、神戸ポートアイランド(口頭発表) (2003年12月10日〜13日)
SY2101 学会発表 Sugiyama, Y., Y. Watase, M. Nagase, A. Hirai and M. Sugiura:
Genome organization of tobacco mitochondria revealed by the DNA sequencing.
6th International Congress on Plant Mitochondria. (Perth, Australia) (poster seession) (July 9-14, 2002)
SY2101 学会発表 Sugiura, M., T. Sasaki, Y. Yukawa, T. Miyamoto, J. Obokata and Y. Sugiyama:
Cis elements for mitochodrial RNA editing deduced from those defined in plastid editing: in vitro RNA editing systems from plastids.
6th International Congress on Plant Mitochondria. (Perth, Australia) (poster session) (July 9-14, 2002)
SY2101 学会発表 Wojciech, P., T. Ideue and M. Sugiura:
The Shine-Dalgarno-like sequence is a repressor for translation of chloroplast rps2 mRNA: an additional mechanism for translation initiation in chloroplasts.
Gordon Research Conference on "Mitochondria & Chloroplasts". (Oxford, UK) (poster session) (August 25-30, 2002)
SY2101 学会発表 Sugiura, M.:
Chloroplast RNA editing in higher plants: cis-elements and trans-acting factors identified by in vitro systems.
Gordon Research Conference on "Mitochondria & Chloroplasts". (Oxford, UK) (Sugiura, invited lecture, August 29) (August 25-30, 2002)
SY2101 学会発表 Sugiura, M., T. Sasaki, Y. Yukawa, T. Miyamoto and J. Obokata:
Identification of RNA editing sites in chloroplast transcripts from three Nicotiana species.
Symposium on the Biogenesis of Cell Organelles. (Munich, Germany) (poster session) (April 11-13, 2002)
SY2101 学会発表 Sugiura, M.:
Biochemical identification of cis-elements and trans-acting factors for the RNA editing of psbE and pet B mRNAs.
Symposium on the Biogenesis of Cell Organelles. (Munich, Germany) (Sugiura, invited lecture, April 11) (April 11-13, 2002)
SY2101 学会発表 宮本徹也, 小保方潤一, 杉浦昌弘:
葉緑体におけるRNAエディティング部位の認識には特異的なタンパク質が関わっている.
第25回日本分子生物学会年会 (横浜) (12月12日ワークショップ、口頭発表) (2002年12月11日-14日)
SY2101 学会発表 山内亮, 伊藤有紀, 近藤鋭治, 木下邦則, 松尾充啓, 長谷川桂子, 中邨真之, 小保方潤一, 杉浦昌弘:
イネ核ゲノムに存在する光合成関連遺伝子群の網羅的解析.
第25回日本分子生物学会年会 (横浜) (12月13日ポスター) (2002年12月11日-14日)
SY2101 学会発表 伊藤有紀, 孫崇栄, 木下邦則, 近藤鋭治, 小保方潤一, 續伯彦, 杉浦昌弘:
葉緑体成分遺伝子群に関するアノテート・ステーションの構築に向けて.
第25回日本分子生物学会年会 (横浜) (12月13日ポスター) (2002年12月11日-14日)
SY2101 学会発表 小川知之, 伊藤有紀, 山内亮, 長谷川桂子, 松尾充啓, 中邨真之, 湯川泰, 近藤鋭治, 木下邦則, 小保方潤一, 續伯彦, 杉浦昌弘:
イネ葉緑体ゲノムデータベース:Chloroplast Netの構築.
第25回日本分子生物学会年会 (横浜) (12月13日ポスター) (2002年12月11日-14日)
SY2101 学会発表 湯川泰, 續伯彦, 近藤鋭次, 木下邦則, 伊藤有紀, 小川知之, 杉浦昌弘:
シロイヌナズナおよびイネ tRNA 遺伝子のゲノムワイド転写解析.
第25回日本分子生物学会年会 (横浜) (12月13日ポスター) (2002年12月11日-14日)
SY2101 学会発表 長谷川桂子, 湯川泰, 伊藤有紀, 小保方潤一, 杉浦昌弘:
イネの光化学系遺伝子 Lhc ファミリーにおけるコアプロモーター配列の解析.
第25回日本分子生物学会年会 (横浜) (12月13日ポスター) (2002年12月11日-14日)
SY2101 学会発表 松尾充啓, 伊藤有紀, 山内亮, 近藤鋭治, 木下邦則, 杉浦昌弘, 小保方潤一:
イネ核ゲノム中に存在する葉緑体DNA様配列.
第25回日本分子生物学会年会 (横浜) (12月13日ポスター) (2002年12月11日-14日)
SY2101 学会発表 渡瀬雄介, 長瀬正和, 茂森舞, 軸屋博之, 福井俊文, 本川修, 高野純, 平井篤志, 杉浦昌弘:
タバコミトコンドリアのゲノムは複数のサブゲノムから成る.
第25回日本分子生物学会年会 (横浜) (12月13日ポスター) (2002年12月11日-14日)
SY2101 学会発表 長瀬正和, 渡瀬雄介, 茂森舞, 軸屋博之, 福井俊文, 本川修, 高野純, 平井篤志, 杉浦昌弘:
タバコミトコンドリアのゲノム・遺伝子解析とデータベースの構築.
第25回日本分子生物学会年会 (横浜) (12月13日ポスター) (2002年12月11日-14日)
SY2101 学会発表 佐々木忠将, 湯川泰, 宮本徹也, 小保方潤一, 杉浦昌弘:
Nicotiana 属葉緑体mRNAにおけるRNAエディティング部位の比較解析.
第25回日本分子生物学会年会 (横浜) (12月13日ポスター) (2002年12月11日-14日)
SY2101 学会発表 稲田美智, 湯川眞希, 續伯彦, 杉浦昌弘:
エンドウとイネの葉緑体ゲノム一次転写産物におけるRNAエディティング部位の同定.
第25回日本分子生物学会年会 (横浜) (12月13日ポスター) (2002年12月11日-14日)
SY2101 学会発表 湯川眞希, 佐々木忠将, 續伯彦, 杉浦昌弘:
Nicotiana属植物葉緑体における比較ゲノム解析.
第25回日本分子生物学会年会 (横浜) (12月13日ポスター) (2002年12月11日-14日)
SY2101 学会発表 菊池正也, 中邨真之, 小保方潤一:
イネにおける上流調節領域とコアプロモーター型との適合性.
第25回日本分子生物学会年会 (横浜) (12月13日ポスター) (2002年12月11日-14日)
SY2101 学会発表 中邨真之, 菊池正也, 小保方潤一:
植物遺伝子のコアプロモーター類型と上流調節領域との間にみられる適合性.
第25回日本分子生物学会年会 (横浜) (12月13日ポスター) (2002年12月11日-14日)
SY2101 学会発表 小保方潤一:
光合成核遺伝子プロモーターの奇妙な成立ち:その機能と起源.
第4回植物オルガネラワークショップ (岡山) (2002年3月27日)
SY2101 学会発表 渡瀬雄介, 長瀬正和, 平井篤志, 杉浦昌弘, 杉山康雄:
タバコミトコンドリアのサブゲノム構造.
第75回日本生化学会大会 (京都) (10月15日ポスター) (2002年10月14日-17日)
SY2101 学会発表 小保方潤一:
クラミドモナスをモデルとしたオルガネラ間相互作用の解析.
日本植物学会第66回大会 シンポジウム「多様性に見いだす一様性〜研究素材としての藻類の魅力〜」 (京都) (2002年9月)
SY2101 学会発表 湯川泰, 近藤鋭治, 木下邦則, 續伯彦, 杉浦昌弘:
シロイヌナズナおよびイネtRNA遺伝子のハイスループット転写解析.
日本植物生理学会2002年度年会 (岡山) (3月28日ポスター) (2002年3月28-30日)
SY2101 学会発表 渡瀬雄介, 長瀬正和, 杉浦昌弘, 平井篤志, 杉山康雄:
植物ミトコンドリアのゲノム解析.
日本植物生理学会2002年度年会 (岡山) (3月29日ポスター) (2002年3月28-30日)
SY2101 学会発表 伊藤有紀, 孫崇栄, 木下邦則, 近藤鋭治, 續伯彦, 杉浦昌弘:
シロイヌナズナデータベースにおける遺伝子注釈の補足.
日本植物生理学会2002年度年会 (岡山) (3月29日ポスター) (2002年3月28-30日)
SY2101 学会発表 松尾充啓, 小保方潤一:
葉緑体とミトコンドリアによる光化学系I核遺伝子の発現調節.
日本植物生理学会2002年度年会 (岡山) (3月29日ポスター) (2002年3月28-30日)
SY2101 学会発表 中邨真之, Gerit Weinzierl, Irena Sheramaeti, 日比野浩之, Ralf Oelmueller, 小保方潤一:
光化学系I核遺伝子におけるコアプロモーターと上流調節領域との選択制.
日本植物生理学会2002年度年会 (岡山) (3月29日ポスター) (2002年3月28-30日)
SY2101 学会発表 吉次友昭, 長谷川桂子, 湯川泰, 小保方潤一:
植物光合成核遺伝子にみられる転写開始点選択機構の解析.
日本植物生理学会2002年度年会 (岡山) (3月29日ポスター) (2002年3月28-30日)
SY2101 学会発表 Sugiura, M.:
RNA editing in chloroplasts: occurrence and in vitro analysis.
FEBS advanced course on origin and evolution of Mitochondria and chloroplasts. Hvar, Croatia (Sugiura, invited lecture, April 2) (March 31-April 4, 2001)
SY2101 学会発表 Obokata,J.:
In vitro analysis of RNA editing in chloroplasts.
Gordon Research Conference of RNA editing (2001)
SY2101 学会発表 Obokata, J.:
Core promoter heterogeneity responsible for photosynthesis gene regulation.
International Satellite Conference on CHLOROPLATS: DEVELOPMENT AND FUNCTION., New Delhi (37104)
SY2101 学会発表 Obokata, J.:
Enigmas of photosynthesis nuclear gene promoters. their structure, function and origin.
Ishida Memorial International Symposium on the ChloroplastGenome., Nagoya (October 12-17, 2001)
SY2101 学会発表 Sugiura, M.:
Genomics in photosynthesis.
The 12th International Congress on Photosynthesis, Brisbane (chairperson's introduction, August 20) (August 18-23, 2001)
SY2101 学会発表 Tsudzki, J., T. Tsudzuki, T. Wakasugi, K. Kinoshita, T. Kondo, M. Sugiura:
The entire gene organizaiton of rice chloroplast DNA --- 2001 update.
The 12th International Congress on Photosynthesis, Brisbane (poster) (August 18-23, 2001)
SY2101 学会発表 Miyamoto, T., J. Obokata, T. Wakasugi, M. Sugiura:
In vitro analysis of cis-elements and trans-factors for the RNA editing of tobacco chloroplast psbE and petB mRNAs.
The 12th International Congress on Photosynthesis, Brisbane (poster) (August 18-23, 2001)
SY2101 学会発表 Sugita, M., T. Tsudzuki, C. Sugiura, M. Ishiura, K. Ogata, H. Jikuya, J. Takano, M. Sugiura:
Genome analysis of Synechococcus sp. strain PCC6301.
The 12th International Congress on Photosynthesis, Brisbane (poster) (August 18-23, 2001)
SY2101 学会発表 Nakamura, M., G. Weinzierl, T. Tsunoda, T. Yoshitsugu, H. Hibino, and J. Obokata:
Core promoter architecture characteristic of photosynthesis nuclear genes.
The 12th International Congress on Photosynthesis. Brisbane (poster) (August 18-23, 2001)
SY2101 学会発表 Matsuo, M. and J. Obokata:
Redox regulation of PSI nuclear genes through photosynthetic electron flow.
The 12th International Congress on Photosynthesis., Brisbane (poster) (August 18-23, 2001)
SY2101 学会発表 Nakamura, M. T. Yoshitsugu, T. Tsunoda, and J. Obokata:
TATA-less promoter architecutre is a common feature shared by the most of thylakoid membrane protein genes.
The 8th International Congress on Endocytobiology and Symbiosis, Nagoya (poster session) (October 12-17, 2001)
SY2101 学会発表 Matsuo,M. and J. Obokata:
Redox signals generated within the chloroplasts regulate the nuclear-encodedPSI subunit genes.
The 8th International Congress on Endocytobiology and Symbiosis, Nagoya (poster session) (October 12-17, 2001)
SY2101 学会発表 Nagao, I., K. Masuyama and J. Obokata:
In vitro evolution of translational cis-regulatory elements.
The 8th International Congress on Endocytobiology and Symbiosis, Nagoya (poster session) (October 12-17, 2001)
SY2101 学会発表 Sugiyama, Y., Y. Watase, M. Nagase, and M. Sugiura:
The genome analysis of the plant mitochondrion.
The 8th International Congress on Endocytobiology and Symbiosis, Nagoya (poster session) (October 12-17, 2001)
SY2101 学会発表 Kobayashi, Y., Y. Dokiya, M. Sugiura and M. Sugita:
Characterization and evolution of the genes encoding bacteriophage-type RNA polymerase in Nicotiana sylvestris.
The 8th International Congress on Endocytobiology and Symbiosis, Nagoya (poster session) (October 12-17, 2001)
SY2101 学会発表 Miyamoto, T., J. Obokata, T. Wakasugi and M. Sugirua:
Identification of cis-elements for the RNA editing of tobacco chlrooplast psbE and pet B mRNAs.
The 8th International Congress on Endocytobiology and Symbiosis, Nagoya (poster session) (October 12-17, 2001)
SY2101 学会発表 Sasaki, T., T. Miyamoto, Y. Yukawa, J. Obokata and M. Sugiura:
Comparative analysis of chloroplast RNA editing sites among Nicotiana species.
The 8th International Congress on Endocytobiology and Symbiosis, Nagoya (poster session) (October 12-17, 2001)
SY2101 学会発表 Sugita, C., M. Sugita, T. Tsudzuki, T. Takano, H. Jikuya and M. Sugiura:
Genome analysis of Synechococcus sp. strain PCC6301
The 8th International Congress on Endocytobiology and Symbiosis, Nagoya (poster session) (October 12-17, 2001)
SY2101 学会発表 Tsudzuki J., T. Tsudzuki, T. Wakasugi, K. Kinoshita, T. Kondo, Y. Itoh and M. Sugiura:
Comparative analysis of the whole chloroplast genomes from rice, maize and wheat.
The 8th International Congress on Endocytobiology and Symbiosis, Nagoya (poster session) (October 12-17, 2001)
SY2101 学会発表 中邨真之, Gerit Weinzierl, Irena Sheramaeti, 日比野浩之, Ralf Oelmueller, 小保方潤一:
TATAボックスとイニシエーターを欠く光化学系I核遺伝子プロモーターの解析.
第24回日本分子生物学会年会、横浜 (2001年12月9日〜12日)
SY2101 学会発表 増山郁, 長尾一生, 小保方潤一:
ウサギ網状赤血球由来のin vitroタンパク質合成系を用いた翻訳制御配列のin vitro進化.
第24回日本分子生物学会年会、横浜 (2001年12月9日〜12日)
SY2101 学会発表 湯川泰, 赤間一仁, Hans J. Gross, Hildburg Beier, 杉浦昌弘:
タバコ核由来のin vitro tRNA発現系.
第24回日本分子生物学会年会、横浜 (12月10日ポスター) (2001年12月9〜12日)
SY2101 学会発表 宮本徹也, 小保方潤一, 杉浦昌弘:
葉緑体RNAエディティングにおけるエディティング部位と部位特異的因子の共進化.
第24回日本分子生物学会年会、横浜 (12月10日ポスター) (2001年12月9〜12日)
SY2101 学会発表 佐々木忠将, 宮本徹也, 湯川泰, 小保方潤一, 杉浦昌弘:
タバコ祖先種の葉緑体におけるRNAエディティング部位の解析.
第24回日本分子生物学会年会、横浜 (12月10日ポスター) (2001年12月9〜12日)
SY2101 学会発表 杉田護, 杉田千恵子, 續伯彦, 高野純, 軸屋博之, 緒方是嗣, 杉浦昌弘:
ラン藻Synechococcus PCC6301株のゲノム解析 (3) .
第24回日本分子生物学会年会、横浜 (12月11日ポスター) (2001年12月9〜12日)
SY2101 学会発表 長谷川桂子, 角田達彦, 杉浦昌弘, 小保方潤一:
Arabidopsis thalianaの光合成遺伝子Lhcファミリーにおけるコアプロモーター配列の解析.
第24回日本分子生物学会年会、横浜 (12月11日ポスター) (2001年12月9〜12日)
SY2101 学会発表 渡瀬雄介, 長瀬正和, 杉浦昌弘, 杉山康雄:
植物ミトコンドリアのゲノム解析 (その1) .
第65回日本生化学会中部支部例会、名古屋 (5月26日ポスター) (2001年5月26日)
SY2101 学会発表 渡瀬雄介, 長瀬正和, 杉浦昌弘, 杉山康雄:
タバコミトコンドリアのゲノム解析.
第74回日本生化学会大会、京都 (10月27日ポスター) (2001年10月25日〜28日)
SY2101 学会発表 小保方潤一:
光合成遺伝子制御系の進化:ランダム事象の裏表.
日本植物学会第65回大会 シンポジウム 光合成の進化: 植物の進化の原点、東京 (2001年9月)
SY2101 学会発表 Miyamoto, T., J. Obokata, T. Wakasugi and M. Sugirua:
Identification of cis-elements for the RNA editing of tobacco chlrooplast psbE and pet B mRNAs.
Ishida Memorial International Symposium on the Chloroplast ENDOCYTOBIOLOGY VIII (2001)
SY2101 学会発表 Sasaki, T., T. Miyamoto, Y. Yukawa, J. Obokata and M. Sugiura:
Comparative analysis of chloroplast RNA editing sites among Nicotiana species.
Ishida Memorial International Symposium on the Chloroplast ENDOCYTOBIOLOGY VIII (2001)
SY2101 学会発表 Tsudzuki, J., T. Tsudzuki, T. Wakasugi, K. Kinoshita, T. Kondo, Y. Itoh and M. Sugiura:
Comparative analysis of the whole chloroplast genomes from rice, maize and wheat.
Ishida Memorial International Symposium on the Chloroplast ENDOCYTOBIOLOGY VIII (2001)
SY2101 学会発表 Nakamura, M., Yoshitsugu, T., Tsunoda, T. and Obokata, J.:
TATA-less promoter architecutre is a common feature shared by the most of thylakoid membrane protein genes.
Ishida Memorial International Symposium on the Chloroplast ENDOCYTOBIOLOGY VIII (2001)
SY2101 学会発表 Matsuo, M. and Obokata, J.:
Redox signals generated within the chloroplasts regulate the nuclear-encodedPSI subunit genes.
Ishida Memorial International Symposium on the Chloroplast ENDOCYTOBIOLOGY VIII (2001)
SY2101 学会発表 Nagao, I., Masuyama, K. and Obokata, J.:
In vitro evolution of translational cis-regulatory elements.
Ishida Memorial International Symposium on the Chloroplast ENDOCYTOBIOLOGY VIII (2001)
SY2102 原著論文 Britz-McKibbin, P., Markuszewski, M.J., Iyanahi, T., Matsuda, K., Nishioka, T. & Terabe, S.:
Picomolar analysis of flavins in biological samples by dynamic pH junction-sweeping capillary electrophoresis with laser-induced fluorescence detection.
Anal. Biochem., 313, 89-96 (2003)
SY2102 原著論文 Britz-Mckibbin, P., Nishioka, T. & Terabe, S.:
Sensitive and high-throughput analyses of purine metabolites by dynamic pH junction multiplexed capillary electrophoresis: A new tool for metabolomics studies.
Anal. Sci., 19, 99-104 (2003)
SY2102 原著論文 Markuszewski, M.J., Britz-McKibbin, P., Terabe, S., Matsuda, K. & Nishioka, T.:
Determination of pyridine and adenine nucleotide metabolites in Bacillus subtilis cell extract by sweeping borate complexation capillary electrophoresis.
J. Chromatogr. A, 989, 293-301 (2003)
SY2102 原著論文 Soga, T., Ohashi, Y., Ueno, Y., Naraoka, H., Tomita, M. & Nishioka, T.:
Quantitative metabolome analysis using capillary electrophoresis mass spectrometry.
J. Proteome Res., 2, 488-494 (2003)
SY2102 原著論文 Markuszewski, M.J., Otsuka, K., Terabe, S., Matsuda, K, and Nishioka, T.:
Analysis of carboxylic acid metabolites from the tricarboxylic acid cycle in Bacillus subtilis cell extract by capillary electrophoresis using an indirect photometric detection method.
J. Chromatogr. A. 1010, 113-121 (2003)
SY2102 原著論文 Tomoyoshi Soga, Yuki Ueno, Hisako Naraoka, Yoshiaki Ohashi, Masaru Tomita, and Takaaki Nishioka:
Simultaneous determination of anionic intermediates for Bacillus subtilis metabolic pathways by capillary electrophoresis electrospray ionization mass spectrometry.
Anal. Chem. 74(10) 2233-2239 (2002)
SY2102 原著論文 T. Soga, Y. Ueno, H. Naraoka, K. Matsuda, M. Tomita and T. Nishioka:
Pressure-assisted capillary electrophoresis electrospray ionization mass spectrometry for analysis of multivalent anions.
Anal. Chem. 74, 6224-6229 (2002)
SY2102 原著論文 Philip Britz-McKibbin, Koji Otsuka, and Shigeru Terabe:
On-line focusing of flavin derivatives using Dynamic pH junction-sweeping capillary electrophoresis with laser-induced fluorescence detection.
Anal. Chem.,74, 3736-3743 (2002)
SY2102 原著論文 Shigeru Terabe, Michal J. Markuszewski, Naoko Inoue, Koji Otsuka, and Takaaki Nishioka:
Capillary Electrophoretic Techniques toward the Metabolome Analysis.
Pure Appl. Chem. 73, 1563-1572 (2001)
SY2102 総説 西岡孝明:
代謝中間産物の細胞内動態の網羅的化学分析法の開発.
GENOME NEWS, No. 5, 34-35 (2003)
SY2102 総説 西岡孝明:
メタボローム化学分析法の開発とその応用.
薬学雑誌,123 (Suppl. 1), 42-45 (2003)
SY2102 総説 曽我朋義, 佐藤 滋, 西岡孝明, 冨田 勝:
ダイナミックな生命現象のメタボローム解析技術.
細胞工学,22, 1337-1341 (2003)
SY2102 総説 曽我朋義:
CE-MSによるメタボローム解析.
「炎症と免疫」Vol.11(6) pp.690-699, 先端医学社 (2003)
SY2102 その他出版物 冨田 勝, 西岡 孝明(共編):

メタボローム研究の最前線,シュプリンガー・フェアラーク東京,pp.222, 東京 (2003)
SY2102 学会発表 T. Soga, S. Sato, and T. Nishioka:
Metabolome analysis of bacteria and rice plant by capillary electrophoresis mass spectrometry.
Second International Conference on Plant Metabolomics, in Potsdam, Germany (Invited speaker) (April 25-28, 2003)
SY2102 学会発表 T. Soga:
Electrically Driven Separation of Bio Molecules and Application in Metabolomics.
23rd International Symposium on the Separation of Proteins, Peptides and Polynucleotides, Delray Beach Florida (Invited speaker) (9-13, November 2003)
SY2102 学会発表 T. Soga:
CE-MS for Metabolomics.
23rd International Symposium on the Separation of Proteins, Peptides and Polynucleotides, Delray Beach Florida (Invited speaker) (9-13, November 2003)
SY2102 学会発表 T. Soga:
A novel method for metabolome analysis.
International Symposium of 21st Century COE Program, Keio University, Yagami Campus, Yokohama (20-21 November 2003)
SY2102 学会発表 T. Soga, Y. Ueno, Y. Ohashi, M. Tomita, T. Nishioka:
Quantitative Metabolome Analysis of Bacteria by Capillary Electrophoresis Mass Spectrometry.
1st IECA Conference on Systems Biology of E. coli” Tsuruoka, Japan (Poster presentation) (23-25 June 2003)
SY2102 学会発表 西岡孝明, 曽我朋義, 寺部茂:
キャピラリー電気泳動を用いたメタボローム化学分析.
日本分析化学会近畿支部創設50周年記念講演会、大阪市立大学 (2003年5月10日)
SY2102 学会発表 西岡孝明:
メタボローム解析のための化学分析法の開発と応用.
日本農芸化学会東北支部例会、山形大学農学部 (平成15年7月12日)
SY2102 学会発表 西岡孝明:
細胞内代謝物質を網羅的に計測するメタボローム解析.
日本結晶学会主催講習会「バイオインフォマティクスをどのように応用するか」、名古屋大学 (平成15年9月3日)
SY2102 学会発表 ゲノム情報から細胞内化学反応ネットワークを再構築する−バイオインフォマティクスから化学分析まで−.
第26回情報化学討論会、特別講演、星薬科大学、東京都品川区 (平成15年11月18,19日)
SY2102 学会発表 曽我朋義:
メタボローム測定法の開発および微生物、植物への応用.
第23回日本分子生物学会, 神戸 (2003年12月10-13日)
SY2102 学会発表 佐藤滋、曽我朋義、西岡孝明、冨田勝:
イネの葉におけるメタボロームの時系列測定.
第23回日本分子生物学会, 神戸 (2003年12月10-13日)
SY2102 学会発表 曽我朋義:
High-throughput method for metabolome analysis.
第76回日本生化学会, パシフィコ横浜 (2003年10月15日)
SY2102 学会発表 西岡孝明:
Metabolome analysis for Bacillus subtilis cells.
第76回日本生化学会, パシフィコ横浜 (2003年10月15日)
SY2102 学会発表 佐藤滋:
Dynamic metabolomics in rice.
第76回日本生化学会, パシフィコ横浜 (2003年10月15日)
SY2102 学会発表 曽我朋義:
CE-MSによるメタボローム測定.
第51回質量分析総合討論会、日本質量分析学会、産業技術総合研究所 (2003年5月14-16日)
SY2102 学会発表 Soga, T., Nishioka, T., Tomita, M.:
Metabolome analysis by capillary electrophoresis mass spectrometry.
3nd International Conference on Systems Biology (poster) (2002)
SY2102 学会発表 Shigeru Terabe, Michal J. Markuszewski, Philip Britz-McKibbin, Keiko Matsuda, Takaaki Nishioka:
Analysis of Metabolomes of Bacillus subtilis by Capillary Electrophoretic Techniques.
8th International Symposium on Separation Science (Torun, Poland) (8-12 September 2002)
SY2102 学会発表 Michal J. Markuszewski, Keiko Matsuda, Takaaki Nishioka, Shigeru Terabe:
Analysis of Metabolomes from Bacillus subtilis Cell Extract by Capillary Electrophoretic.
8th International Symposium on Separation Science (Torun, Poland) (8-12 September 2002)
SY2102 学会発表 Nishioka、T.:

Genome Contractor-Grantee Workshop IX (Oakland, USA) (2002)
SY2102 学会発表 Tomoyoshi Soga:
Metabolome Analysis by Capillary Electrophoresis Mass Spectrometry.
International Conference on Systems Biology - Satellite Meeting "Metabolome Analysis and Systems Biology" (Karolinska Institute, Stockholm, Sweden) (招待講演) (37606)
SY2102 学会発表 曽我朋義:
細胞内代謝物質の網羅的測定法の開発.
JST異分野交流フォ−ラム (2002)
SY2102 学会発表 曽我朋義:
CE-MSのメタボローム解析への展開.
The 29th Biological Mass Spectrometry Conference (日本質量分析学会、八ガ岳ロイヤルホテル) (招待講演) (2002年7月7-10日)
SY2102 学会発表 Takaaki Nishioka:
Development of Chemical Analysis for Metabolome by Capillary Electrophoresis/Mass Spectrometry.
The 90th Annual Meeting of the Korean Chemical Society (韓国, 慶山市) (招待講演) (2002年10月19,20日)
SY2102 学会発表 西岡孝明:
メタボロミクスにむけた細胞内代謝物質計測システムの開発.
シロイヌナズナワークショップ2002 (木更津市かずさアカデミアホール) (招待講演) (2002年10月10-11日)
SY2102 学会発表 西岡孝明:
イネ代謝のシミュレーションに向けて.
ミレニアム植物科学研究プロジェクト研究成果報告会 (2002年) (東京都西新宿区, 安田生命ホール) (2002年12月2,3日)
SY2102 学会発表 西岡孝明:
ポストゲノム時代のハイスループット化学分析 −メタボローム解析−.
化学工学会第35回秋季大会シンポジウム (神戸市, 神戸大学) (招待講演) (2002年9月20日)
SY2102 学会発表 曽我朋義:
メタボローム解析のための細胞内代謝物質の一斉分析法.
慶應ライフフォーラム (慶應義塾大学主催、慶應義塾大学理工学部) (招待講演) (2002年7月26日)
SY2102 学会発表 西岡孝明:
メタボローム解析−代謝物質の網羅的化学分析法の開発−.
生物資源開発センターセミナー (大阪府立大学先端生命科学研究所生物資源開発センター, 大学院農学研究科共同研究開発センター共催, 大阪府立大学学術交流会館) (招待講演) (2002年12月9日)
SY2102 学会発表 曽我朋義:
メタボローム解析の最新技術.
第164回LC研究懇談会 (LC研究会、東京理科大学) (招待講演) (2002年11月29日)
SY2102 学会発表 西岡孝明:
メタボローム解析−ポストゲノム時代の化学分析−.
第18回農薬デザイン研究会 (日本農薬学会 主催: 大津市) (招待講演) (2002年10月31日−11月1日)
SY2102 学会発表 曽我朋義:
メタボロームと質量分析.
第222回CBI学会講演会研究会 (CBI学会、日本化学会館) (招待講演) (2002年10月18日)
SY2102 学会発表 西岡孝明:
SCOP データベースのスーパーファミリーを超えた進化的類縁関係.
第2回日本蛋白質科学会年会 (ポスター) (2002)
SY2102 学会発表 西岡孝明:
微生物代謝物質の網羅的化学分析法の開発.
第4回「微生物ゲノム研究のフロンティア」ワークショップ (2002)
SY2102 学会発表 曽我朋義, 西岡孝明:
CE/MS による枯草菌中の細胞内代謝物質の網羅的測定法.
第4回「微生物ゲノム研究のフロンティア」ワークショップ (ポスター) (2002)
SY2102 学会発表 西岡孝明:
メタボローム解析の目指すもの.
第50回質量分析総合討論会 (京都工芸繊維大学 5月15−17日) シンポジウム (招待講演) (2002年5月17日)
SY2102 学会発表 曽我朋義:
メタボローム解析の最新技術.
鶴岡鉄鋼部会 (鶴岡鉄鋼部会、鶴岡市, 慶應義塾大学先端生命科学研究所) (招待講演) (2002年10月22日)
SY2102 学会発表 曽我朋義:
枯草菌のメタボローム解析.
日本枯草菌研究会 (日本枯草菌研究会、焼津) (2002年8月29-31日)
SY2102 学会発表 曽我朋義:
枯草菌のメタボローム解析.
日本放線菌学会 (ポスター) (2002)
SY2102 学会発表 Takaaki Nishioka:
Development of chemical analysis for metabolome by using capillary electrophoresis/mass spectrometry.
有用微生物のシステムバイオロジーに関する日米合同ワークショップ (鶴岡市, 慶應義塾大学先端生命科学研究所) (招待講演) (2002年9月16−28日)
SY2102 学会発表 Soga, T., Nishioka, T., Tomita, M.:
Comprehensive analysis of intracellular metabolites by capillary electrophoresis mass spectrometry.
2nd International Conference on Systems Biology (poster) (2001)
SY2102 学会発表 曽我朋義:
キャピラリー電気泳動による有害陰イオンの一斉分析.
Separation Science 2001 (招待講演) (2001)
SY2102 学会発表 西岡孝明:
細胞内物質のハイスループットな計測技術.
第24回日本分子生物学会年会 (2001)
SY2102 学会発表 曽我朋義, 上野由希, 奈良岡寿子, 松田敬子, 藤田泰太郎, 西岡孝明:
細胞内代謝物質の網羅的分析法の開発.
第24回日本分子生物学会年会 (ポスター) (2001)
SY2102 学会発表 曽我朋義:
CE-MSの概論.
日本質量分析学会、アドバンストコース 1-28 (2001)
SY2103 総説 Takahashi, K., Ishikawa, N., Sadamoto, Y., Sasamoto, H., Ohta, S., Shiozawa, A., Miyoshi. F., Naito, Y., Nakayama, Y., Tomita M.:
E-CELL2: Multi-platform E-CELL Simulation System.
Bioinformatics 19(13): 1727-1729 (2003)
SY2103 総説 Kikuchi, S., Tominaga, D., Arita, M. Takahashi, K. and Tomita, M.:
Dynamic modeling of genetic networks using genetic algorithm and S-system.
Bioinformatics 19(5): 643-650 (2003)
SY2103 総説 Arakawa, K., Mori, K., Ikeda, K., Matsuzaki, T., Kobayashi, Y., and Tomita, M.:
G-language Genome Analysis Environment: a workbench for nucleotide sequence data mining.
Bioinformatics 19(2): 305-306 (2003)
SY2103 総説 M. Hucka, A. Finney, H. M. Sauro, H. Bolouri, J. C. Doyle, H. Kitano, A. P. Arkin, B. J. Bornstein, D. Bray, A. Cornish-Bowden, A. A. Cuellar, S. Dronov, E. D. Gilles, M. Ginkel, V. Gor, I. I. Goryanin, W. J. Hedley, T. C. Hodgman, J.-H. Hofmeyr, P. J. Hunter, N. S. Juty, J. L. Kasberger, A.Kremling, U. Kummer, N. Le Novere, L. M. Loew, D. Lucio, P. Mendes, E. D.Mjolsness, Y. Nakayama, M. R. Nelson, P. F. Nielsen, T. Sakurada, J. C.Schaff, B. E. Shapiro, T. S. Shimizu, H. D. Spence, J. Stelling, K.Takahashi, M. Tomita, J. Wagner, J. Wang:
The Systems Biology Markup Language (SBML): A Medium for Representation and Exchange of Biochemical Network Models.
Bioinformatics 19(4): 524-531 (2003)
SY2103 総説 石井伸佳、中山洋一、冨田勝:
植物代謝のコンピュータモデル
「蛋白質 核酸 酵素 2003年11月号増刊 植物の代謝コミュニケーション 植物分子生理学の新展開」、共立出版、東京 (2003年)
SY2103 総説 Kouichi Takahashi, Katsuyuki Yugi, Kenta Hashimoto, Yohei Yamada, Christopher J.F. Pickett, and Masaru Tomita:
Computational challenges in cell simulation: a software engineering approach.
IEEE Intelligent Systems 17(5) 64-71 (2002)
SY2103 総説 Masaru Tomita:
Whole-cell simulation: a grand challenge of the 21st century.
Trends in Biotechnology 19(6), 205-210 (2001)
SY2103 学会発表 Yoichi Nakayama, Kazuharu Arakawa, Katsuyuki Yugi, Nobuyoshi Ishii, Masaru Tomita:
GEM Project: An effective development strategy for cell models based on genomic sequences.
First IECA Conference on Systems Biology of E. coli, First IECA Conference on Systems Biology of E. coli Program & Abstracts p.96 (2003)
SY2103 学会発表 Yohei S Yamada, Kazuharu Arakawa, Ayako Kinoshita, Yoichi Nakayama, Masaru Tomita:
Development of Application Modules for Automatic S-System/GMA Parameter Estimation and Nonlinear Analysis on the GEM system.
First IECA Conference on Systems Biology of E. coli, First IECA Conference on Systems Biology of E. coli Program & Abstracts p.88 (2003)
SY2103 学会発表 中山洋一、柚木克之、中山敦子、北山朝也、冨田勝:
遺伝子発現の大規模モデリングに適した新規なシミュレーションアルゴリズムの開発
第26回日本分子生物学会年会、第26回日本分子生物学会年会 プログラム・講演要旨集 p.424 (2003)
SY2103 学会発表 荒川和晴、山田洋平、駒井宏美、篠田幸作、中山洋一、冨田勝:
大規模パスウェイモデルの自動作成
第26回日本分子生物学会年会、第26回日本分子生物学会年会 プログラム・講演要旨集 p.1048 (2003)
SY2103 学会発表 Yoichi Nakayama, Katsuyuki Yugi, Yohei Yamada, Masaru Tomita:
Modeling Environment for Large-Scale Models Using the E-CELL System.
Genome Informatics (Poster) (2001)
SY2103 学会発表 Pawan Dhar, Emily Wang, Yoichi Nakayama, Masaru Tomita:
Modeling photorespiration pathway through E CELL.
Genome Informatics (Poster) (2001)
SY2103 Webサイト タイトル: E-CELL Project.
SY2104 学会発表 後藤英司:
光質による生育制御技術の動向.
第13回SHITAシンポジウム講演集, 日本植物工場学会 (2003)
SY2104 学会発表 後藤英司, 城宝由紀子, 大政謙次:
オゾンガス曝露がイネ葉の遺伝子発現に及ぼす影響.
2002生態工学会年次大会, 2002生態工学会年次大会発表要旨集, 17 (2002)
SY2104 学会発表 後藤英司:
サブモデル結合を考慮したイネ生育モデルの開発.
農業環境工学関連4学会2002年合同大会, 農業環境工学関連4学会2002年合同大会講演要旨, 145 (2002)
SY2104 学会発表 後藤英司, 城宝由紀子, 大政謙次:
オゾン曝露下におけるイネ葉の遺伝子発現の解析.
農業環境工学関連4学会2002年合同大会, 農業環境工学関連4学会2002年合同大会講演要旨, 160 (2002)
SY2104 学会発表 大橋敬子, 後藤英司, 富士原和宏, 蔵田憲次:
長期的に異なる波長組成がイネ葉の光合成特性に及ぼす影響.
農業環境工学関連4学会2002年合同大会, 農業環境工学関連4学会2002年合同大会講演要旨, 198 (2002)
SY2105 原著論文 Tomonari Watanabe, P. M. Room, and J. S. Hanan:
Virtual rice: simulating the development of plant architecture.
International Rice Research Notes 26(2) 60-62 (2001)
SY2105 総説 渡邊朋也:
作物形態のモデル化とその応用.
化学と生物 40(5) 332-334 (2002)
SY2105 学会発表 渡邊朋也, 長谷川利拡, 高橋 渉, 中川博視:
水稲の3次元生育シミュレータの開発 第4報 葉身形態の品種・系統間変動と形態の簡易表現.
日本作物学会第214回講演会 (網走) (2002年8月25,26日)
SY2105 学会発表 渡邊朋也, Jim S. Hanan and Peter M. Room:
仮想稲:IV. 穂の着粒構造のL-system表現
日本作物学会第212回講演会 (三重大学) (2001年9月27,28日)
SY2106 原著論文 Lubis, I., Shiraiwa, T., Ohnishi, M., Horie, T. and Inoue, N.:
Contribution of sink and source sizes to yield variation among rice cultivars.
Plant Prod. Sci., 6 (2): 119-125 (2003)
SY2106 原著論文 Horie, T., Lubis, I., Takai, T., Ohsumi, A., Kuwasaki, K., Katsura, K. and Nii, A.:
Physiological traits associated with high yield potential in rice.
Proc. Internat. Rice Res. Conf. 2002, Beijing, China (2003)
SY2106 原著論文 Trillana, N., Chaudhary, R., Inamura, T. and Horie, T.:
Maintaining predawn leaf water potential in two upland rice cultivars during drought stress and recovery.
International Rice Res. Notes, 27(1): 49-50 (2002)
SY2106 原著論文 Kobayashi, K., Horie, Y. and Imaki, T.:
Relationship between apical dome diameter at panicle initiation and the size of panicle components in rice grown under different nitrogen conditions during the vegetative stage.
Plant Prod. Sci., 5: 3-7 (2002)
SY2106 原著論文 Suzuki, T., Shiraiwa, T., and Horie, T.:
Competitiveness of four rice cultivars against barnyard grass, Echinochlora oryzicola Vasting, with reference to root and shoot competition.
Plant Prod. Sci., 5: 77-82 (2002)
SY2106 原著論文 Koki Homma, Takeshi Horie, Masao Ohnishi, Tatsuhiko Shiraiwa, Nopporn Supapoj, Naruo Matsumoto, and Nobuyuki Kabaki:
Quantifying the toposequential distribution of environmental resources and its relationship with rice productivity.
ACIAR Proc. 101 281-291 (2001)
SY2106 原著論文 Hidetaka Nishida, Yutaka Okumoto, Hiroshi Nakagawa, Katsuyuki Ichitani, Hiromo Inoue, and Takatoshi Tanisaka:
Analysis of tester lines for rice (Oryza sativa L.) heading-time genes using reciprocal photoperiodic transfer treatments
Ann. Bot. 88 527-536 (2001)
SY2106 原著論文 Takeshi Horie:
Increasing yield potential in irrigated rice: breaking the yield barrier.
In Peng, S. and Hardy, B.(eds.) Rice research for Food Security and Poverty Alleviation.(IRRI, Philippines) P. 3-25 (2001)
SY2106 原著論文 Tsutomu Matsui, Kenji Omasa, and Takeshi Horie:
Comparison between anthers of two rice (Oryza sativa L.) cultivars with tolerance to high temperatures at flowering or susceptibility
Plant Prod. Sci. 4(1) 36-40 (2001)
SY2106 原著論文 Tsutomu Matsui, Kenji Omasa, and Takeshi Horie:
The difference in sterility due to high temperatures during the flowering period among Japonica-rice varieties.
Plant Prod. Sci. 4(2) 90-93 (2001)
SY2106 原著論文 佐々木良治, 堀江武, 鳥山和伸, 柴田洋一:
水稲稈長の年次変動とそれに関与する要因.
日作紀 70(4) 489-498 (2001)
SY2106 学会発表 堀江武・吉田ひろえ・白岩立彦・中川博視・黒田栄喜・佐々木忠勝・萩原素之・小葉田亨・大西政夫・小林和宏:
アジア広域環境下におけるイネの生育・収量形成の遺伝子型・環境相互作用の解析1.アジアイネネットワーク試験(ARICENET)での生育・収量の遺伝的・環境的変異
日作紀72別(2): 88-89 (2003年)
SY2106 学会発表 吉田ひろえ・堀江武・大西政夫・桂圭佑:
アジア広域環境下におけるイネの生育・収量形成の遺伝子型・環境相互作用の解析2.面積当り頴花数の遺伝的・環境的変異と頴花数推定モデル
日作紀72別(2): 90-91 (2003年)
SY2106 学会発表 小林和宏・新谷耕一:
水稲頴花数生産能率の品種間差異の解析
日作紀72別(2): 82-83 (2003年)
SY2106 学会発表 大西政夫:
品種・地域比較試験に基づく水稲生育特性の解析と多収機構3.水稲11品種の葉面積および乾物重生長モデルのパラメタリゼーション
日作紀72別(2): 94-95 (2003年)
SY2106 学会発表 大西政夫:
品種・地域比較試験に基づく水稲生育特性の解析と多収機構4.水稲11品種の頴花数生産モデルのパラメタリゼーション
日作紀72別(2): 96-97 (2003年)
SY2106 学会発表 中川博視・岡田邦子・濱崎明博・堀江武:
水稲個葉の光・CO2濃度反応の品種間差異
日作紀72別(2): 174-175 (2003年)
SY2106 学会発表 新居亜希子・大角壮弘・堀江武・杉本敦子:
圃場条件下における水稲収量の支配形質の同定と評価7.水稲の炭素同位体分別の品種間差異と個葉光合成との関係
日作紀72別(2): 42-43 (2003年)
SY2106 学会発表 Horie, T. and Lubis, T.:
Physiological traits associated with high yield potential in rice.
Internat. Rice Congress, Abstract : 29 (Beijing China) (2002年)
SY2106 学会発表 桂圭祐, Iskandar Lubis, 高井俊之, 堀江武, 新居亜希子, 吉田ひろえ, 白岩立彦:
圃場条件下における水稲収量の支配形質の同定と計測評価4.水稲収量性の遺伝的変異とそれに関与する生長特性.
日本作物学会紀事71巻別号(2) : 12-13 (2002年)
SY2106 学会発表 大角壮弘, Iskandar Lubis, 新居亜希子, 堀江武, 大西政夫:
圃場条件下における水稲収量の支配形質の同定と計測評価5.水稲の個葉光合成の品種間差異とその要因.
日本作物学会紀事71巻別号(2) : 14-15 (2002年)
SY2106 学会発表 桑崎耕平, 堀江武, 高井俊之, 大角壮弘:
圃場条件下における水稲収量の支配形質の同定と計測評価.
日本作物学会紀事71巻別号(2) : 16-17 (2002年)
SY2106 学会発表 大西政夫、塚田明広、堀江武、佐伯友和、J.F.Angus、萩原素之:
品種・地域比較試験に基づく水稲の生育特徴性の解析と多収機構2. コシヒカリの穎花数生産に及ぼす窒素および気温の影響のモデル化
日作紀70(別1号) 60-61 (2001)
SY2106 Webサイト 堀江武, 中川博視, 白岩立彦:
水稲の発育動態予測システム.
(2002年12月公開)
SY2107 原著論文 Yukihiro Ito, Hirohiko Hirochika, and Nori Kurata:
Organ-specific alternative transcripts of KNOX family class 2 homeobox genes of rice.
Gene 288 41-47 (2002)
SY2107 原著論文 Yukihiro Ito, Mitsugu Eiguchi, and Nori Kurata:
KNOX homeobox genes are sufficient in maintaining cultured cells in an undifferentiated state in rice.
Genesis 30 231-238 (2001)
SY2107 原著論文 Y. Ito, M. Eiguchi, and Nori Kurata:
Somatic and germinal transposition of a maize transposable element Ds in rice.
Rice Genet. Newsl. 17, 110-111 (2000)
SY2107 学会発表 Kurata N, Nagato Y, Ito J, Ohara M, Ikeda K, Yamaki S, Kitano H, Miyoshi K , Nonomura K, Ito Y, Yamazaki Y.:
A DATABASE FOR RICE ORGAN DEVELOPMENT WITH CELL AND GENE MARKERS, INTEGRATED IN THE ORYZABASE.
Plant and Animal Genome XI Conference, P889 (San Diego, USA) (January, 2003)
SY2107 学会発表 倉田のり, 三好一丸, 伊藤幸博, 永口貢, 野々村賢一, 山崎由紀子, 長戸康郎:
イネ発生学データベースの構築:形態とセルマーカーによる発生ステージの分類.
第102回日本育種学会 p.161 (2002)
SY2107 学会発表 伊藤幸博, 三好一丸, ティルムルガン, 倉田のり:
イネのHAP遺伝子群の解析.
第25回日本分子生物学会年会 (2002)
SY2107 学会発表 伊藤幸博, ティルムルガン, 三好一丸, 永口貢, 倉田のり:
イネのエンハンサートラップ系統の作成と選抜.
日本育種学会第102回講演会 (2002)
SY2107 学会発表 伊藤幸博, 永口貢, 倉田のり:
イネのエンハンサートラップ系統の作成と選抜.
第24回日本分子生物学会年会 (2001)
SY2107 学会発表 伊藤幸博, 永口貢, 倉田のり:
イネのエンハンサートラップ系統の作成.
日本遺伝学会第73回大会 3D14 (2001)
SY2107 学会発表 伊藤幸博, 永口貢, 倉田のり:
イネのエンハンサートラップ系統の作成.
日本育種学会第100回講演会 (2001)
SY2108 学会発表 山本伸一, 高橋裕治, 小島晶子, 矢野昌裕:
イネ出穂期の早晩性と出穂期関連遺伝子Hd3aおよびRFT1の発現レベルの相関.
日本分子生物学会第25回年会、第25回日本分子生物学会年会講演要旨集、p904 (2002)

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