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第4回果樹インフォマティクス・キャンプ

情報公開日:2015年4月22日 (水曜日)

開催趣旨

果樹分野でもカンキツ・リンゴ・ブドウ・モモで全ゲノム情報が公開され、ポストゲノム時代に入りました。また、次世代シーケンサー(NGS)技術の急速な進展により、大量のシーケンス情報の入手も容易になりました。このため、バイオインフォマティクスを専門としない果樹研究者でも、ゲノム・遺伝子情報の解析技術が、研究を進める上で必要となりつつあります。

そこで、本キャンプでは、果樹分野の研究者を対象に、バイオインフォマティクスのための解析サーバーを自前で構築しなくても、NGSデータを利用して(1)目的領域のゲノム配列を組み立てる(ゲノムアセンブル)、(2)目的領域の遺伝子構造や機能を推定する(ゲノムアノテーション)、(3)遺伝子発現解析を行う(RNA-Seq)、(4)DNAマーカー開発やアレル解析を目的にした一塩基多型(SNP)等の多型解析を行うためのシステムおよびソフトウエアの使い方を実習を通じて修得することを目的とします。

主催

国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構 果樹研究所

日時

第1部 6月29日(月曜日) 9時00分~12時00分

第2部 6月29日(月曜日)13時00分~17時15分、6月30日(火曜日) 9時00分~16時00分

会場

農林水産省 農林水産技術会議事務局 筑波事務所

情報通信共同利用館(電農館)3階 セミナー室(茨城県つくば市観音台2-1-9)

参集範囲

果樹研究者(独法,県,大学,民間)

参加定員

30名

対象研究者

NGSデータを利用して、ゲノムアセンブルやゲノムアノテーション、RNA-Seq、多型解析を行うことを想定している果樹研究者

解説するシステム・ソフトウエア

(1)GALAXY/NIAS

GALAXYは、ゲノム・遺伝子を解析するためのさまざまなツールの集合体です。複数のツールを組み合わせて処理できる解析ワークフローを組むことによって、ゲノム・遺伝子配列の複雑な処理を自動的に行うことができます。GALAXY/NIASは、農業生物資源研究所ゲノムインフォマティクスユニットにより、農作物を対象にした解析が容易に行えるように、カスタマイズされたGALAXYです。各研究者の机上のパソコンから、ブラウザを使って操作することができます。

(2)MEGANTE

農業生物資源研究所ゲノムインフォマティクスユニットが開発した植物ゲノムアノテーションシステムです。GALAXY/NIASやCLC Genomics Workbenchを用いてアセンブルしたNGSデータなどをMEGANTEのサイトにアップロードすると、自動的にアノテーションされます。すでに,Malus x domestica,Prunus persica,Citrus clementine,C. reticulata,C. sinensis, Poncirus torifoliata, Vitis viniferaなどの果樹のゲノムデータやESTデータがMEGANTEに格納されており、これらのデータを使った自動アノテーションを行えるようになっています。各研究者の机上のパソコンから、ブラウザを使って操作することができます。

(3)CLC Genomics Workbench

NGSデータを解析するためのソフトウエアです。NGSデータのアセンブルや発現解析のほか、プライマー設計やBLASTなどの従来の塩基配列解析機能も備えています。UNIXだけでなく、WindowsやMac OSXでも動作します。

問合せ先

農研機構 果樹研究所 カンキツ研究領域 上席研究員 藤井 浩

e-mail: KRIT-admin@ml.affrc.go.jp,電話:054-369-7100

申込方法

参加希望者は別添申込書に必要事項を記載し、5月22日(金曜日)までにe-mailで下記のアドレスに申込書を送付してください。ただし,申込みをいただいても参加出来ない場合(定員の30名を超えた場合)がありますので、参加の可否は5月29日(金曜日)までにお知らせします。

申込書送付先:KRIT-admin@ml.affrc.go.jp

第4回果樹インフォマティクス・キャンププログラム

第1部

2015年6月29日

9時00分~9時30分 受付

9時30分~9時40分 開会挨拶(果樹研究所所長 松田長生)

9時45分~10時45分 ゲノム解析ワークフロー・インターフェイスGALAXYの紹介

(農業生物資源研究所 農業生物先端ゲノム研究センター ゲノムインフォマティクスユニット ユニット長 伊藤 剛) 

11時00分~12時00分 ゲノムアノテーション・システムMEGANTEの紹介

(農業生物資源研究所 農業生物先端ゲノム研究センター ゲノムインフォマティクスユニット 主任研究員 沼 寿隆)

第2部

13時00分~13時30分 果樹に感染している病原体(ウイルス)を同定する実例と果樹の病原細菌のゲノム解析

(果樹研究所 品種育成・病害虫研究領域 侵入病害虫ユニット 主任研究員 藤川貴史)

13時45分~17時15分 CLC Genomics Workbench ゲノム解析(NGSアセンブル等)

(株式会社キアゲン 宮本真理)

 

2015年6月30日

9時00分~12時00分 CLC Genomics Workbench 発現解析(RNA-Seq解析等)

(株式会社キアゲン 宮本真理)

13時00分~16時00分 CLC Genomics Workbench 配列解析(BLAST,プライマー設計等)

(株式会社キアゲン 宮本真理)

法人番号 7050005005207