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水曜会(第698回)

情報公開日:2016年11月21日 (月曜日)

今回の水曜会は、次世代シークエンサーの活用に関する一般講演1題と学位取得者(細菌・寄生虫研究領域 玉村 研究員)による講演1題の2題を予定しております。
参加希望者の事前登録は不要、当日参加も可能です。皆様のご来聴をお待ちしております。

日時

平成28年11月30日(水曜日)15時00分~

場所

国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 動物衛生研究部門 講堂
茨城県つくば市観音台3-1-5 (交通案内/会場案内(建物3))
Tel: 029-838-7937(企画管理部 企画連携室 交流チーム)
Fax: 029-838-7907

内容

座長:大崎 慎人(動衛研)

次世代シークエンサーによる迷入株の解析(20分)

○西森 敬 (農研機構 動物衛生研究部門 細菌・寄生虫研究領域 ヨーネ病ユニット)

羊型ヨーネ菌は羊のパラ結核から高頻度に分離されるが、牛型ヨーネ菌に比べ、バンコマイシンに感受性があり、さらに長期間の培養を要し、羊型株の分離には液体培地の利用が推奨されている。今回次世代シークンサー(NGS)解析のために増菌した羊型菌株(海外分与株Telford)をバンコマイシン添加培地で継代したため、迷入していた牛型株が優勢になった事例に遭遇し、NGS解析したデータから迷入株の概要を解析したので、NGSの利用促進のために紹介したい。
この菌株型の交替は羊型株を確認する代表的な手法であるPCR-REAにおいて羊型パターンから牛型パターンへの変化で最初に確認され、MLSSR型別で追認された。同時に継代していたK10株と迷入株とはMLSSRパターンが異なっていた。またK10株の完全ゲノムデータを参照したNGS解析では100%の頻度となる一塩基変異(SNV)は少なく、異なる株の共存を示唆する結果であった。次に、共存している牛型株を特定するために、野外分離羊型株のSNVとの対比で特徴的なSNVの推測を試みたが、参照ゲノムデータのK10株に対して特徴的な低頻度のSNVは検出されなかった。この結果から逆にK10分岐群に含まれる株の共存を疑い、SNVデータの比較をゲノムブラウザ(IGV)で確認したところ、K10株との類似が推測され、しかも当ユニット保有株よりSanger Instituteで得られたK10株のSNVデータと大変類似していた。 以上の結果から、in vitroによる確認が必要であるが、特定できていない機会にSanger InstituteのK-10株と同じ系統の株が迷入した可能性が示唆されるとともに、NGSのin silico解析の有用性が示唆された。

座長:楠本 正博(動衛研)

牛由来Salmonella Typhimuriumに関する分子疫学的研究(20分)

○玉村 雪乃 (農研機構 動物衛生研究部門 細菌・寄生虫研究領域 腸管病原菌ユニット)

牛サルモネラ症は様々な血清型のサルモネラに起因する感染症であり、発症牛は下痢や敗血症を呈す。北海道においては、以前は子牛を中心として発生が認められていたが、近年では成牛、特に搾乳牛における発生が多く、酪農現場で問題となっている。我々は、牛由来Salmonella Typhimurium(ST)の遺伝学的性状とその変遷を明らかにすることを目的として、北海道内で1977年から2009年の間に分離された菌株について分子疫学的手法を用いて解析した。牛由来ST 545株をパルスフィールドゲル電気泳動 (PFGE) により型別した結果、9つの遺伝子型に分類され、全株のうち248株がPFGE I型に、165株がPFGE VII型に分類され、2つの優勢な遺伝子型が存在することが示された。さらに代表株について、Multi-locus variable number tandem repeats analysis (MLVA) により解析した結果、4つのMLVAクラスター (A~D) が形成され、MLVAクラスターAはPFGEI型、MLVAクラスターCはPFGE VII型で構成された。PFGE I型およびVII型は、異なる型別手法を用いてもそれぞれ同じグループに分類されることから、それぞれ遺伝学的に近縁な株で構成されていることが示された。I型の多くは1992年から2004年の間に分離されており、1990年代に世界的に流行した多剤耐性ファージ型DT104が含まれていた。VII型は全て2000年以降に分離され、多くの株が多剤耐性を示し、薬剤耐性病原性プラスミドを共通に保有していた。以上の結果から、1992年以降DT104を含むI型菌が増加したが2004年以降減少し、それに代わり2000年以降に新型の多剤耐性VII型菌が出現し、これによるサルモネラ症が増加したことが明らかとなった。

法人番号 7050005005207