農研機構の中には15の研究所等があり、食料・農業・農村に関する研究活動を行っています。
研究所
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中央農業総合研究センター
本州中央地域(関東・東海・北陸)の農業発展のため、多くの専門分野を結集した総合研究を展開し、新たな米政策に対応した水田の高度利用や地域バイオマスの有効利用など、新技術体系の開発を行います。また、新技術開発の基盤となる専門研究や土壌肥料、病害虫・雑草防除など環境保全型農業生産のための専門研究を行います。
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作物研究所
稲、小麦、大麦、大豆、さつまいもに加え、ゴマなどの資源作物の品種改良と、品種改良のための新技術開発を行っています。また、これらの作物の栽培・生理研究と品質成分の生理遺伝研究を行い、画期的な品種の育成につなげるとともに、低コスト・高品質栽培技術を開発しています。
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果樹研究所
主としてカンキツ類、リンゴ、ニホンナシ、モモ、クリ、カキ、ブドウ、ウメ、スモモなどに関する育種、栽培、病虫害などに関する研究を幅広く実施しております。
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花き研究所
国によって設立されたわが国唯一の花の研究機関です。
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野菜茶業研究所
野菜・茶について、育種・栽培、環境負荷低減、品質、流通等に関する技術開発と、それを支える基礎的・基盤的研究を行います。
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畜産草地研究所
良質で健全な畜産物の生産性向上と畜産資源の有効利用・自給率向上をめざし、飼料生産から家畜生産および排泄物の処理・利用に至る畜産の総合研究を推進します。
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動物衛生研究所
「生命あるものを衛る」ことを目標とする研究機関として、動物疾病の予防と診断、 治療に関し、基礎から開発・応用までの 幅広い研究を実施しています。
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農村工学研究所
農村の振興という政策目的の達成を固有の使命としています。
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食品総合研究所
食と健康の科学的解析、食料の安全性確保と革新的な流通・加工技術の開発などの基礎的・基盤的研究を行います。
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北海道農業研究センター
北海道地域に適する水田作・畑作・酪農の大規模生産システムの確立、夏季 低温・冬季厳寒という環境を克服する基礎研究を行っています。
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東北農業研究センター
東北地域の豊かな自然資源を活かした農業の発展に資する試験研究を実施しています。
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近畿中国四国農業研究センター
近畿中国四国地域の特徴である都市近接性中山間地および傾斜地域での農業の活性化に資する技術開発を行っています。
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九州沖縄農業研究センター
九州・沖縄地域の自然条件や社会条件と調和した農業・農村の発展,消費ニーズに即した品目生産と品質向上をめざした農業における総合的生産力向上のため,農業に関わる幅広い分野で試験研究を展開しています。
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生物系特定産業技術研究支援センター
バイオテクノロジーなどに関する民間の研究開発の支援、競争的資金を活用した基礎的研究の支援、農業機械分野における共同研究の実施などの事業を一体的に展開し、産学官連携の拠点として機能していきます。














