果樹茶業研究部門

MinimalMarker

MinimalMarkerとは

MinimalMarkerは、共優性マーカーあるいは優性マーカーを多数の品種に適用して得られた多型データから、最も少ないマーカー数で、すべての品種を判別するためのマーカーセットを検出するコンピュータプログラム(以下「プログラム」)です.多くの場合、多くの品種に多数のマーカーを適用して得られた結果をまとめた表において、すべての品種を判別するのにすべてのマーカーを使用する必要はありません。もし、MinimalMarkerによって最少マーカーセット(すべての品種を判別することができるマーカーセットの中で、最もマーカー数が少ないマーカーセット)が判れば、品種判別のための労力や時間を節約できます。

使用環境

Perl環境があれば、WindowsでもMac OSXでもLinuxでも動作します。Mac OSXやLinuxの場合Perl環境は設定済みです。
Windowsの場合は、ActivePerlをインストールしてください。

免責事項

  • 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 (以下「農研機構」)は、本プログラムに関して不具合やエラーや障害が生じないことを一切保証いたしません。
  • 農研機構は、本プログラム及び本プログラムのダウンロードに起因してご使用者に直接または間接的損害が生じても、いかなる責任をも負わず、一切の損害賠償を行わないものとします。
  • 農研機構は、本プログラムに不具合、不備等があっても、程度の如何にかかわらず訂正、修補する義務を負わないものとします。

著作権その他の権利

  • プログラムの著作権その他の知的財産権一切は、農研機構に帰属します。
  • 本プログラムを無断で複製、転載、改変などに類する行為と無断で解析(逆コンパイル、逆アセンブル、リバースエンジニアリング等)することを禁止します。
  • 本プログラムを販売、貸与、再使用許諾、営業使用することなどはいずれもできないものとします。事前の告知なしに本プログラムの変更、又は配布を中止する場合があります。また、このページは予告無く加筆修正されることがあります。

インストール方法

  • Perlの実行環境をインストールしてください。
  • 本プログラムには、Windows用とMac用があります。Mac用はLinuxでも動作します。
  • Windows用には、Visual Studio 2012で記述された操作パネルが付属していますので、グラフィカルなインターフェースで操作できます。Mac用には操作パネルは付属しません。
  • 下記のリンクからWindows用かMac用かを選んで、MinimalMarkerをダウンロードしてください。本プログラムは、ZIP形式で圧縮してあります。解凍して使用してください。
  • インストール方法は、それぞれの取扱説明書を参照してください。

プログラムの引用

本プログラムを用いて得られた計算結果を使用して、学術雑誌等への論文等発表する場合は、論文等の中にMinimalmarkerを使用したことを記載すると共に下記の文献の引用をお願いします。

Hiroshi Fujii, Tatsushi Ogata, Takehiko Shimada, Tomoko Endo, Hiroyuki Iketani, Tokurou Shimizu, Toshiya Yamamoto and Mitsuo Omura (2013) MinimalMarker: An algorithm and computer program for the identification of minimal sets of discriminating DNA makers for efficient variety identification. Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 11 (2) 1250022 (17 pages) DOI: 10.1142/S0219720012500229.