アガロースゲルで検出できるSSRマーカーを用いたアカクローバの高密度連鎖地図

アカクローバの高密度連鎖地図をSSRおよびRFLPマーカーを用いて作成した。SSRマーカーはアガロースゲルにより簡易・安全に検出できる。また、マーカーは遺伝子領域に由来しているため、他マメ科植物に対する応用性が高い。

アカクローバ、高密度連鎖地図、SSRマーカー、アガロースゲル

高密度連鎖地図は収量、早晩性など農業形質に関与する量的形質遺伝子座（QTL）の検出精度を高め、選抜効果の高いDNAマーカーを開発するうえで非常に有用である。SSR(SimpleSequenceRepeats)マーカーは共優性かつPCRベースで解析できるため、多くの植物種で開発が行われている。一方、これらのマーカーは数bpの多型に基づいて検出されるため、多型検出に煩雑な手法を用いる場合が多い。そこで、簡易・安全なアガロースゲルで検出ができるSSRマーカーを用いた高密度連鎖地図を作成する。

1. 本連鎖地図は1157マーカーからなり、アガロースゲルで検出できるSSRマーカーを用いた高密度連鎖地図としては唯一のものである（図１，図２）。
2. マーカーの内訳はSSRマーカーが1013、RFLPマーカーが144で、連鎖地図の全長は989cM、マーカー間の平均距離は0.9ｃMである（図１）。
3. マッピング集団「HRxR130」は日本品種とスイス品種のF1由来のクローン「HR」とロシア品種由来のクローン「R130」によるF1188個体である。
4. SSRマーカー、RFLPマーカーはcDNAライブラリー等を用いて開発し、ともにアカクローバの遺伝子領域に由来している。
5. SSRマーカーの70％がシロクローバのDNAでアカクローバとほぼ同じサイズのバンドを検出した。同様に26％がマメ科モデル植物Medicagotruncatulaで、21％がエンドウでアカクローバとほぼ同サイズのバンドを検出しており、本SSRマーカーは他マメ科植物に対する応用性が高い（表１)。

1. 本連鎖地図は高密度なため、精度の高いＱＴＬ解析を行うことができ、選抜効果の高いDNAマーカー開発に活用できる。
2. 本成果は（財）かずさDNA研究所との共同研究によるものであり、連鎖地図上のSSRマーカープライマー情報およびRFLPシーケンス情報を論文およびwebサイト(http://www.kazusa.or.jp/)にて全て公開する。
3. 連鎖地図上のSSRマーカーは全てアガロースゲルを用いて簡易に多型検出ができる。
4. 連鎖地図上のマーカーはシンテニー解析や候補遺伝子解析およびマメ科植物のアンカーマーカーに活用できる。

研究課題名：マメ科牧草におけるDNAマーカーの効率的作出法の開発及び遺伝地図作成
課題ID：04-08-02-(01)-10-04
予算区分：DNAマーカー
研究期間：2003〜2004年度
研究担当者：磯部祥子、奥村健治、イリーナ・クリメンコ（ウィリアムス飼料作研究所）、ニコライ・コズロフ（ウィリアムス飼料作研究所）
発表論文等：Isobeetal.(2003)TheorApplGenet108:105-112