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フィールドインフォマティクス ・センサーネットワーク及びフィールドモニタリングに関わる研究
・多様で複雑な生物機能や環境動態を定量化し評価するモデル理論
・生物を対象としたゲノム情報解析,画像解析とパターン認識,データマイニング
・グリッドコンピューティングとモデルを実装するためのソフトウェア技術
生産・管理システム ・センシング技術の高度化による精密圃場管理に基づく知識集約型省力的作物生産技術の確立
・作物生産における超省力化・低コスト・環境負荷低減型農作業システムの開発
・ナノテクノロジー,バイオテクノロジー,IT等を活用した計測制御手法の確立
家畜生産機能制御 ・ルーメン微生物のもつ繊維分解機構に関する研究
・反すう家畜の成長と泌乳の調節機構に関する研究
・ブタの栄養における発酵リキッド飼料と食品残さの利用
作物ゲノム育種 ・作物の品質形成機構の解明
・作物の効率的な形質評価手法の開発
・作物の有用形質に関わる遺伝子のマッピングと選抜マーカーの開発
・作物の有用遺伝子のクローニングと機能の解明
・ゲノム情報による選抜を取り入れた新しい作物育種法,育種戦略の策定
果樹ゲノム育種 ・遺伝資源を活用した果実形質向上に関する遺伝子の解析
・落葉果樹類のDNAマーカー,分子遺伝,ゲノム育種に関する研究
・果樹遺伝資源の生物多様性と進化,保全に関する研究
花卉新育種資源作出・利用 ・種間交雑,遺伝子組換え等による新育種素材の作出
・花き育種へのDNAマーカー利用技術の開発
・花きの形態形成、開花、色素などの機構解明と制御技術の開発