イチゴ品種識別用DNAマーカー型データ利用システム


[要約]
本システムは、品種別マーカー型データの一覧表を基に、マーカー型組合せが相同あるいは類似する品種の検索、ホモ型マーカーとヘテロ型マーカーの分別表示、および、親子関係の整合性推定を行うコンピュータプログラムである。

[キーワード]イチゴ、品種識別、DNAマーカー、コンピュータプログラム

[担当]三重科技セ・農業研究部・園芸研究課
[代表連絡先]電話:0598-42-6354
[区分]関東東海北陸農業・野菜
[分類]研究・参考

[背景・ねらい]
  野菜茶業研究所が開発したイチゴの品種識別用DNAマーカーは品種育成者権保護のため有効で実用的価値が高い。また、それらマーカーの多くが2倍体型の遺伝に従うことが確認されているため、親子関係の確認や種子繁殖型品種の識別まで活用範囲を広げることができる。そこで、新しく開発される品種やマーカーに対する拡張性を考慮しながら、品種識別用DNAマーカーのデータ管理を容易にするコンピュータプログラムを作成する。

[成果の内容・特徴]
1. 野菜茶業研究所が開発した25種類の品種識別用DNAマーカーに関する125品種のデータを一覧表にしてある。一覧表には、各ユーザーが新しい品種や新しいマーカーのデータを追加することができる。
2. 図1に示すとおり、プログラムは「品種検索」、「マーカー固定の確認」、「親から子」の推定および「子から親」の推定の4つの機能を有する。それぞれ、マーカーのデータは1個ずつ入力するだけでなく、登録済みの一覧表から品種名を選択することによって一括入力することもできる。
3. 「品種検索」機能は、各マーカーのデータを入力し、当該データ組合せに相同または類似する組合せを持つ品種を検索する。類似の範囲について、「相違が許されるマーカー数」を入力し、それ以下の相違数のものが検索される(図2)。
4. 「マーカー固定の確認」機能は、種子繁殖型品種への応用を想定したもので、入力したマーカー型データについてホモ型とヘテロ型が区別して表示される。ホモ型のマーカーは種子繁殖型品種の識別マーカーとして利用できる。
5. 「親から子」の推定機能は、両親のマーカー型データを入力すると、子として出現する可能性があるマーカー型が表示される。さらに、調べたい子のマーカー型を入力し、整合性を確認することができる。加えて、一覧表の中から、子として可能性がある品種を検索して表示する。
6. 「子から親」の推定機能は、子のマーカー型データを入力すると、親として可能性があるマーカ型データの組合せが表示される。さらに、調べたい親のマーカー型を入力し、整合性を確認することができる。
7. このプログラムはWindows Excel上でアプリケーション用プログラミング言語VBAによって作成されている。

[成果の活用面・留意点]
1. 本システムは、品種識別業務、種子繁殖型品種の育種および品種登録審査等に活用できる。
2. 本システムは、本成果情報担当から無償提供する。ただし、プログラム修正やデータの追加を随時実施しているので、利用環境を含めて詳細な情報について、代表連絡先あて問い合わせること。


[具体的データ]

図1 メニュー画面
図2 品種検索画面の一例

[その他]
研究課題名:種子繁殖型イチゴの品種識別標識マーカー付き新品種の開発
予算区分:岡三加藤文化振興財団研究助成
研究期間:2006年度
研究担当者:森利樹、山本有子(三重科技セ)、國久美由紀(野菜茶研)、松元哲(野菜茶研)

目次へ戻る