他の独立行政法人との役割分担に留意しつつ、研究目標の共有、共同研究、人事交流を含めた連携、協力を積極的に行う。また、独立行政法人農業技術研究機構が行う多様な専門知識を融合した総合研究に必要に応じて協力する。

(1) 国公立機関、大学、民間、海外機関、国際機関等との共同研究及び研究者の交流等を積極的に推進する。
(2) 研究を効率的に推進するため、行政との連携を図る。
(3) 科学技術協力に関する政府間協定等を活用し、先進国等との共同研究を推進する。
(4) 国の助成により公立機関等が実施する研究等への協力を行う。
(5) 毎年定期的に、関係独立行政法人、行政部局、都道府県等の参加を求めて、研究推進のための会議を開催し、相互の連携・協力のあり方等につき意見交換等を行う。

イネ等へのダイオキシン類の汚染経路を解明し汚染軽減を図るため、土壌、大気等の農業環境及び作物体から検出されるダイオキシン類の異性体パターンを解析する。また、各種異性体の物理化学的特性に基づいてイネ等による吸収、体内移行、蓄積性との関係を解明する。さらに、土壌粒子や水生・湿性植物によるダイオキシン類の保持及び分解等の特性に基づいて、ダイオキシン類の水田から農業排水系への流出実態を解明する。

カドミウム等微量元素の資材、水等から土壌への負荷実態を解明し、負荷軽減のための指針を作成するとともに、イネ・ダイズ子実への吸収過程の解明と吸収量の少ない品種の検索を行う。

硝酸性窒素等の流出を予測するため、土層内及び地下水中の移動過程を解明するとともに、硝酸性窒素の中規模流域におけるモニタリング手法を開発する。また、農業生態系における硝酸性窒素の脱窒機能等を評価し、負荷軽減技術を開発する。さらに、硝酸性窒素の負荷流出予測を中規模流域に対しても適用可能にするため、総合的な予測モデルを開発する。

微生物のもつ農薬等の有機化合物分解能を利用した汚染環境修復技術等を開発するため、芳香族塩素化合物分解菌等を対象に、分解能、分解経路、分解酵素と分解関連遺伝子の構造と機能等を解析するための技術を開発する。また、トリアジン系除草剤等を対象に、分解菌の集積・単離技術の開発、分解経路や分解能の解析と評価、汚染環境への分解菌接種技術の開発、及び分解菌の環境中での動態解析技術の開発を行う。

農薬による環境負荷の軽減を図るため、水田に施用された水田用除草剤の動態解明の一環として、農耕地周辺水系への拡散移行経路の解明とその流出量の評価法の開発、水生生物における濃縮過程の解明及び水生生物に対する影響評価法の開発を行う。また、生態系で重要な位置を占める微生物や昆虫等に与える含窒素農薬の影響を解明する。

導入された遺伝子組換え作物が近縁の作物や野生植物との交雑等によって生態系に及ぼす影響を評価する。また、組換え作物が産生するBtトキシンの環境への影響の評価手法を開発する。さらに、開放系利用が可能となった組換え農作物（ナタネ、ダイズ）の長期栽培モニタリングを実施する。遺伝子組換え微生物については、導入遺伝子の伝達と再編成及び環境中における遺伝子拡散の遺伝学的解析手法及び組換え体の安全性評価手法を開発する。

寄生蜂等農業上有用な生物の導入に際して、環境への影響を事前に評価する手法を開発するとともに、すでに侵入・導入した昆虫が農業生態系の生物相に及ぼす影響を解明、評価する。

菌核性糸状菌等の個体群変動に及ぼす環境要因の影響を解明する。また、環境修復微生物等の制御技術を開発するため、微生物や植物の二次代謝産物が微生物の増殖に及ぼす影響を解明する。

ハムシ等の昆虫個体群動態と餌資源の質・量・空間的配置との相互作用を解明する。また、昆虫が放出し、昆虫個体群や群集の移動・繁殖行動に影響を及ぼす化学物質の構成及び構造を決定するとともに、これら化学物質に対する成虫の反応性を解明する。

スルホニルウレア系水田除草剤の連用による除草剤抵抗性植物の出現、他感作用をもつ植物の導入及び耕作放棄に伴う水田生態系の植生空間分布の変化等、農業生産活動が農業生態系及びその周辺生態系に生息する生物群集に及ぼす影響の実態を調査する。また、農業生産活動が生物群集の構造と遺伝子の多様性に及ぼす影響を生理・生態的、生化学的特性に基づき解明、評価する。

畑地及びその周辺に生息する線虫の属・種レベルでの構成を解明するとともに、それらの主要な特性を解明する。

地球規模の環境変動が顕著に現れると予想される地域において、生産力向上に対する地域固有の阻害要因を解明し、影響緩和策に活用するため、詳細な気候変化シナリオに基づいたコメ生産力の変動予測手法を開発する。

気候変化、二酸化炭素の濃度上昇が農業生産に及ぼす影響を予測するため、気候資源量の評価に基づいたモニタリング手法及び影響予測可能なモデルを開発する。

地球環境変化に伴う農業生態系等のガスフラックスの変動を観測的に解明する。また、温室効果ガス排出規制に関する科学的知見の蓄積に資するため、国際共同研究等によるデータの統合化に取り組む。

地球温暖化ポテンシャルに基づく温室効果ガス削減計画の策定に資するため、農地の利用形態とメタン・亜酸化窒素等の発生要因の関係を解明し、発生抑制技術の開発に取り組む。

農業生態系における大気質（炭化水素等微量ガス、花粉、ダスト等）の放出過程や拡散過程を解明し環境条件からモデル化するとともに、対象物質の放出強度や大気中での濃度分布等の定量的評価手法を開発する。

人間活動に伴う物質の動き及び土地利用変化が農業生態系における物質循環及び空間構造の特性に与える影響を定量的に評価する。このため、農業由来の窒素負荷物質、土地資源、生物種の広域的な移動等を指標としながら、システムダイナミクス等の観点からの解析手法を開発する。また、地域バイオマスエネルギー生産システムのＬＣＡ等の環境影響評価手法を確立する。

農作物、土壌の試料について、分析精度の向上のため、分析用試料の調製方法、抽出・精製方法を検討するとともに、高分解能ＧＣ／ＭＳ等の高感度機器を利用した高精度分析法を開発する。また、カドミウム、ホウ素等による環境負荷の拡大防止に資するため、これらの元素の土壌中の形態別定量法を開発する。

作物・農耕地土壌における¹³⁷Cs等のモニタリングを継続するとともに、¹²⁷I等の土壌中分布調査を行い降下性放射性同位元素の農業生態系における蓄積等の挙動を解明する。

人工衛星等多様なリモートセンシング計測によって、植物・土壌等環境資源の量的変動や広域的分布を高精度で評価する方法を開発する。また、農業環境資源から計測されたデータを、インベントリー等に蓄積・利用するため、データを分類・検証するための新たなコンピュータ多用型解析手法や多変量解析手法を開発する。

土壌等の非生物資源、昆虫、微生物等の生物資源を分類・同定し、機能・特性を解明するとともに、インベントリーのためのフレームを構築する。

独立行政法人農業生物資源研究所が実施するジーンバンク事業に参画し、サブバンクとしてセンターバンク（独立行政法人農業生物資源研究所）と連携しつつ当該生物の収集・評価及び保存を行う。また、適当と認められた遺伝資源については、随時、センターバンクに移管する。

指定試験事業等により公立機関等が実施する研究等への人的支援等の協力を行う。

行政、各種団体、大学等の依頼に応じ、高度な専門的知識が必要とされ、他の機関では実施が困難な分析、鑑定を実施する。

(1) 講習会、講演会等を積極的に開催するとともに、国や団体等が主催する講習会等に積極的に協力する。
(2) 他の独立行政法人、大学、国公立機関、民間等の研修生を積極的に受け入れ、人材育成、技術水準の向上、技術情報の移転を図る。また、海外からの研修生を積極的に受け入れる。
(3) 外部に対する技術相談窓口を設置し対応する。

わが国を代表する農業環境研究に関わる研究機関として、行政、国際機関、学会等の委員会・会議等に職員を派遣するとともに、政府の行う科学技術に関する国際協力・交流に協力する。特に、気候変動に関する政府間パネル（ＩＰＣＣ）等の国際会議に積極的に職員を派遣する。また、行政等の要請に応じて、技術情報を適切に提供する。

(1) 研究成果の中で生産現場等に利活用できる（普及に移しうる）成果を外部の評価により、中期目標の期間内に10件以上を選定し、普及を図る。
(2) 行政、生産者等が利用可能な各種のマニュアル、データベース等の作成、農林水産省研究ネットワーク等の活用、研究成果の他独立行政法人や行政機関等への移転等を通じて、成果の普及、利活用の促進に努める。

(1) 研究成果は国内外の学会、シンポジウム等で発表するとともに、中期目標の期間内に810報以上の論文を学術雑誌、機関誌等に公表する。
(2) 研究成果については、その内容をインターネットや「つくばリサーチギャラリー」、「土壌モノリス館」、「昆虫展示室」の展示等を通じて公開に努めるとともに、重要な成果に関しては、適宜マスコミに情報を提供する。また、パブリックアクセプタンスの確保に努める。

(1) 知的所有権の取得に努め、中期目標の期間内に10件以上の国内特許等を出願する。また、海外で利用される可能性、我が国の農林水産業等への影響を配慮して、特許等の外国出願を行う。
(2) 補償金の充実等により、知的所有権取得のインセンティブを与える。
(3) 取得した知的所有権に係る情報提供はインターネットを通じて行うとともに、研究成果移転促進事業等を活用し、知的所有権の利活用を促進する。この場合、知的所有権の実施の許諾等については、我が国の農林水産業等の振興に支障を来すことのないよう考慮の上、決定する。

管理業務の効率化に伴う適切な職員の配置に努める。また、重点研究領域への職員の重点配置等を行うことにより、研究業務の効率的、効果的な推進を行う。

期末の常勤職員数は期初を上回らないものとする。
（参考：移行職員相当数198名、期末の常勤職員数193名）
（参考：中期目標の期間中の人件費総額見込み８、５０６百万円

但し、上記の額は、役員報酬並びに職員基本給、職員諸手当、超過勤務手当、休職者給与及び国際機関派遣職員給与に相当する範囲の費用である。）

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