平成11年７月に制定された「食料・農業・農村基本法」及びその理念や施策の基本方向を具体化した「食料・農業・農村基本計画」並びに平成11年11月に策定された「農林水産研究基本目標」に示された研究開発を行うため、研究所においては、「ゲノム生物学等を利用した生命科学研究」、「農林水産業の飛躍的発展を目指した革新技術の開発」、「新産業の創出を目指した研究」及び「バイオテクノロジーを支える基盤技術の開発」を重点研究領域として設定する。また、緊急に解決すべき問題については、研究開発を積極的に推進する。なお、研究開発に当たっては、安全性の確保に十分配慮する。

研究に係る目標の作成に当たって、次のように定義した用語を主に使用して段階的な達成目標を示す。また、研究対象等を明示することにより、達成すべき目標を具体的に示す。

ａ　イネゲノムの全塩基配列の解読・公開を加速化するとともに、イネの完全長ｃＤＮＡライブラリー等を早急に整備し、機能解明を進める。

ｂ　家畜及びカイコのｃＤＮＡライブラリーを整備するとともに、高密度遺伝地図、物理地図を開発する。

ｃ　塩基配列中の遺伝子の領域と機能を推定する第１世代コンピュータプログラムを開発するとともに、地図情報、生理機能等を含む包括的ゲノム情報解析システムの開発に取り組む。

ａ　塩基配列、遺伝地図等のゲノム情報と分子遺伝学的手法を活用し、イネについては、有用遺伝子100個以上の単離・機能解明を行う。ブタ等の家畜については、椎骨数、肉質等に関する遺伝子の単離・機能解明を行う。カイコでは、ＤＮＶ抵抗性等に関する遺伝子の単離・機能解明を行う。

ｂ　遺伝子発現機構の解明に資するため、遺伝子の網羅的な発現解析システムを開発する。

ｃ　植物の遺伝子発現の初期過程に関与する遺伝子の単離等に着目して高次調節機構を解明する。

ａ　高精度解析技術を導入し、イネ等のタンパク質の大量解析を行い、アミノ酸配列等の情報からなる約3,000種のタンパク質データベースを開発するとともに、15種類以上のタンパク質の立体構造を決定し、これらの構造と機能の関係を解明する。

ｂ　計算科学的手法によるタンパク質構造・機能予測のための基盤技術を開発する。

ｃ　糖鎖受容体及び糖鎖に対する細胞応答に着目して糖鎖の機能を解明する。

ａ　新たな制御因子の同定・作用機作に着目して光合成及び物質代謝・転流機構を解明する。

ｂ　植物の器官形成に関与する新たな遺伝子の単離・機能解析に着目して植物の発生分化機構を解明する。

ｃ　植物ホルモン等受容体や情報伝達に関与する遺伝子に着目して生理活性物質の作用機構を解明する。

ａ　細胞生物学的特性等に着目して家畜の発生分化、形態形成、組織再生機構を解明する。

ｂ　家畜の成長、中枢神経機能に着目して発育及び細胞機能関連遺伝子の発現調節機構、本能行動を制御する脳・神経調節機構を解明する。

ｃ　発現している遺伝子群の探索・同定に着目して昆虫等の発生分化、脱皮変態、再生、分子進化機構を解明する。

ｄ　生理・生化学的手法による情報伝達物質の同定等に着目して昆虫等の脳・神経系の制御機構を解明する。

ｅ　アミノ酸、ペプチド等の化学物質に着目して昆虫等の体色制御機構、特異的代謝機能を解明する。

ａ　耐塩性等に関わる遺伝子の単離とその作用機作に着目して環境との相互作用を解明する。

ｂ　植物における病原体の認識機構に関する遺伝子の単離等に着目して植物と病原菌の相互作用を解明する。

ｃ　植物と根粒菌との共生機構に関する遺伝子の単離等に着目して植物と共生微生物の間の相互作用を解明する。

ｄ　行動制御物質の単離等に着目して昆虫間、昆虫と植物、昆虫と微生物の相互作用を解明する。

ｅ　異物認識と免疫寛容機構等に関する遺伝子に着目して生体防御機構を解明する。

トウモロコシ由来のＣ４光合成酵素遺伝子を複数導入したスーパー光合成イネの開発を進めるとともに、イネゲノム研究等で単離された遺伝子を活用しつつ、病害虫に対する複合抵抗性、環境ストレス耐性、機能性等を高めた組換え個体を開発する。

ａ　イネについて、簡便なＤＮＡマーカーを開発し、それを利用したＤＮＡマーカー選抜育種システムを確立する。

ｂ　家畜について、肉質等に関わるＤＮＡマーカーを開発する。カイコについて、耐病性、絹の高品質化等に関わるＤＮＡマーカーを開発する。

ａ　イオンビーム等の新たな変異原を導入するとともに、ガンマー線照射による効率的変異作出技術を開発する。

ｂ　放射線によるイネ貯蔵タンパク質等の新規形質突然変異体の分子生物学的解析を行うとともに、木本性作物の耐病性突然変異の効率的な誘発・選抜方法の開発と新規素材の作出を行う。

ａ　植物について、血圧降下作用を有する物質等を産生する遺伝子組換え個体を開発する。

ｂ　カイコについて、サイトカイン等有用物質を産生する遺伝子導入個体を開発するとともに、遺伝子導入カイコの周年・安定生産システムを確立する。

ａ　昆虫の味覚受容分子等を利用したバイオセンサーの基本モデル設計に取り組む。

ｂ　昆虫の飛翔行動等を解明するための測定・解析ツール、手法を開発する。

ａ　ＤＮＡマーカー等を利用した系統解析法を開発するとともに、非休眠性等を付与した天敵昆虫の素材の開発に取り組む。

ｂ　カドミウム、ＮＯｘ、ＳＯｘ等の環境汚染物質、有害化学物質の吸収・分解能を高めた環境修復植物個体を開発する。

　

ａ　繭の新素材としての利用技術の開発に資するため、セリシン繭等を生産する特徴あるカイコ品種を開発する。

ｂ　絹の生体親和性等の機能性を新素材として利用するため、物質変換・加工に関する基本技術を開発する。

ｃ　絹タンパク質、キチン等を用いた創傷被覆素材等の素材を開発する。

ｄ　繭糸素材等を用いて伸縮性絹糸や平面絹等の新生活素材を開発する。

ａ　分子情報等に基づいて生物の多様性を解明するとともに、多様性保存技術の開発に取り組む。

ｂ　多型解析等を活用することにより、生物遺伝資源における機能多様性等を遺伝子レベルで同定・評価し、遺伝子資源として利用する。

ｃ　難保存性動植物・微生物の超低温等による保存研究に取り組むとともに、野生種等の現地保存が必要な遺伝資源の調査研究を行う。

ａ　トランスポゾンを利用した約４万系統のノックアウトイネを開発する。

ｂ　生体防御機構の解明及び異種間臓器移植等の新規医療技術開発に資するため、免疫系を中心とした遺伝子の導入、欠損等による10数種の疾患モデルマウスを開発する。

ｃ　遺伝子導入による効率的な疾患モデルブタの作出技術を開発する。

ａ　組織・器官特異的又は各種誘導性プロモーター等、多様な特異性を示すプロモーターを開発する。

ｂ　植物の相同組換え技術の開発に取り組むとともに、形質転換効率の不十分な作物について効率を向上させる技術を開発する。

ｃ　トランスポゾンの改良等に着目して昆虫形質転換系等を開発する。

ｄ　動物・植物の代謝系を利用した新たな選抜技術の開発に取り組む。

ｅ　組換え体の安全性評価手法の開発に取り組む。

ジーンバンク事業の植物、動物、微生物、ＤＮＡ部門のセンターバンクとして、サブバンク等と協力して、数値目標を設定して遺伝資源の収集、評価、保存、情報管理等を行うとともに、利用者への配布を行う。特に、生物多様性条約下における遺伝資源収集点数の拡大及び特性評価の充実を図るとともに、公開用データベースを高精度化する。また、共同調査により海外における遺伝資源の多様性保全に取り組む。

行政、各種団体、大学等の依頼に応じ、研究所の有する高い専門知識が必要とされる分析、鑑定を実施する。

講習会の開催、国公立機関、民間、大学、海外機関等外部機関からの研修生の受入れ等を行う。

行政、国際機関、学会等への専門家の派遣、行政等への技術情報の提供等を行う。

研究成果はデータベース化やマニュアル作成等により積極的に利活用の促進を図る。さらに、先端研究成果は、作物研究、畜産研究等の応用研究との連携により、利活用の促進を図る。

研究成果は、積極的に学術雑誌等への論文、学会での発表等により公表するとともに、主要な成果については各種手段を活用し、積極的に広報を行う。また、国民へのパブリックアクセプタンスの推進に努める。

重要な研究成果については、わが国の農林水産業等の振興に配慮しつつ、特許等の取得により権利の確保に努めるとともに、民間等における利用の促進を図る。また、育種研究成果については、国の命名登録制度を活用しつつ、優良品種の育成・普及に努める。

期間中の人事に関する計画（人員及び人件費の効率化に関する目標を含む。）を定め、業務に支障を来すことなく、その実現に努める。

研究職員について、任期付任用制度の活用、職の公募等により、内外の優れた人材を確保する。