平成１１年３月１７日（水）〜１８日（木）の両日、蚕糸昆虫研大会議室を会場に開催された。参加者は評価委員長、技会担当者、所長等管理者、ＣＯＥ総括責任者、サブリーダー、課題担当者、ＣＯＥポスドク研究員など５０名を越える大人数に達した。
　成績検討会では１日目に、サブテーマ１及び２の１４課題、２日目の午前中にサブテーマ３及び自己努力領域の１２課題について活発な検討が行われ、研究の着実な進展が実感された。
　推進会議は２日目の午後から開催された。総括責任者の井上昆虫機能研究官から、先のＣＯＥ育成委員会における中間評価の紹介と今後２年間の推進方針が提示された。また、評価委員長である山下興亜名古屋大学副総長から、「これからの科学技術研究のあり方を考える」と題して、科学技術の成立・現状・今後、科学研究の方法論と研究の分類、研究目的の設定と評価などについて、講話があった。