SSRマーカーに基づくダイズ統合連鎖地図

［要約］

［キーワード］

ダイズ、SSRマーカー、組換え自殖系統、連鎖地図、マーカー育種

［担当］北海道農研・低温耐性研究チーム、九沖農研・大豆育種研究九州サブチーム、近中四農研・大豆育種研究近中四サブチーム
［代表連絡先］電話011-857-9260、電子メールseika-narch@naro.affrc.go.jp
［区分］北海道農業・生物工学、作物
［分類］研究・普及

［背景・ねらい］

農業上重要な形質の解析と育種的利用において、正確で効率的な遺伝子型の判別を可能にするDNAマーカーの果たす役割は非常に大きい。なかでも、SSR（Simple Sequence Repeats）マーカーは共優性でかつまたPCRにより簡便に解析できるため、有用性が高い。ダイズにおいても多数のSSRマーカーが開発されてきたが、ゲノムサイズが比較的大きいためその数はまだ十分ではない。そこで、育種現場での利用を前提に、簡易なゲル電気泳動で識別可能なSSRマーカーを用いて、複数の組換え自殖系統について個別に連鎖地図を作成し、位置情報を統合することにより高密度連鎖地図を構築する。また、主要品種における各マーカーの遺伝子型を調査する。

［成果の内容・特徴］

統合連鎖地図は、SSRマーカーを中心に1811のPCRマーカーからなり、全長2422.9cM、マーカー間の平均距離は1.36cMである（図１）。
マーカーの内訳は、アメリカ農務省のSSRマーカーが596、かずさDNA研究所が開発したEST-SSRマーカーが1,074、そして、千葉大学が開発したSSRとSTSマーカーが141である（図１）。このうち、468が新しく位置づけられたマーカーである。
10cM以上にわたってマーカーが存在しない領域が７カ所ある。とくに、連鎖群C1（第４染色体）のSat_235とGMES1325の間には大きなマーカーの欠落部が存在する（図１、赤色の縦線部分）。
国内主要品種を含む24品種・系統についてアガロースゲル電気泳動のような簡便な方法で多型を検出した場合、各マーカーの対立遺伝子数は２が最も多く、最大７を示す（図２）。

［成果の活用面・留意点］

３つの連鎖地図を統合して作成した地図であるため、細部のマーカー順序は実際とは異なる場合がある。ゲノム情報や連鎖解析の結果から確認する必要がある。
マーカー情報は下記のホームページからダウンロード可能である。　　http://dnaresearch.oxfordjournals.org/cgi/content/full/dsp010/DC1

［具体的データ］

［その他］

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