アグリ・ゲノム研究の総合的な推進　[(旧)食料供給力向上のためのグリーンテクノ計画] ― イネゲノム研究 ―

最終更新日：2007/7/4

イネゲノム解析研究関連データベース

Rice Genome Research Program

１９９１年に開始されたイネゲノム解析研究の成果である高密度分子遺伝地図、酵母人工染色体(YAC)の整列化地図、6500個のEST塩基配列情報およびこれらESTをYAC整列化地図上に位置付けた発現遺伝子地図が公開されています。また、これらの情報を基に１９９８年に開始されたわが国のイネゲノム全塩基配列解読プロジェクトおよびわが国を中心とした国際共同体制での解読成果が、独自に開発したデータベース、INEによって日々更新掲載されています。イネ全塩基配列も、こちらで公開しています。

DNA Bank

農林水産省のイネゲノム解析研究プロジェクト(RGP)、家畜ゲノム研究プロジェクト(AGP)及びカイコゲノム解析研究プロジェクトの研究成果として生み出されたcDNAクローン、RFLPマーカー、PAC&BACクローン及びYACクローン等の寄託を受け、保存・管理しています。また、これらの有益な研究材料を国内外の研究者に提供しています。

イネゲノムリソースセンター　「イネ・ゲノムリソースセンターの整備」プロジェクト
イネゲノム研究プロジェクトで得られた多数の貴重なゲノム情報及び生物研究材料を、国内外の多くの研究者の方々に利用していただくためのイネ関連研究材料を提供するページです。

Rice Annotation Project Database (RAP-DB)

イネのアノテーションデータベース
配列の名前、遺伝子名、ゲノム上の位置、その他のランドマークなどを使って検索する　GBrowse、イネおよびシロイヌナズナについて検索可能なG-integra　があります。また、 full-length cDNAs や Tos17 mutant linesなどのほかのイネゲノムのデータの参照することができます。

RiceGAAS
イネの予測遺伝子データーベース遺伝子領域、スプライシングサイト、ホモロジーサーチ、t-RNA、シグナル配列等の情報が統合されています。

Knowledge-based Oryza Molecular biological Encyclopedia イネ完全長cDNAデータベース
イネゲノムプロジェクトの一環として２０００年１月から、２００３年９月末までに遂行された「イネ完全長ｃＤＮＡプロジェクト」で収集、マッピング、意味づけされた約２８，０００の完全長ｃＤＮＡクローンの情報を公開しています。

イネゲノムアノテーションデータベース（RAD）

イネゲノムアノテーションデータベース（RAD）は、コンティグ指向型データベースです。RGPで蓄積されたイネゲノムアノテーション情報がコンティグ、染色体化されています。

イネゲノム統合データベース(INE)
染色体ごとに遺伝地図と物理地図とイネゲノムの塩基配列が統合されたデータベースです。

イネ発現遺伝子地図情報

6591個のＥＳＴ座位を示した地図です。

RGPイネcDNA(EST)情報

RGPで取得された65312個のcDNAシーケンスのデータベースです。

ミュータントパネルのページ「遺伝地図とミュータントパネルを利用した単離及び機能解明」プロジェクト
農業生物資源研究所で作出された、イネ(日本晴)の内在性レトロトランスポゾンTos17 による遺伝子破壊系統(5万系統)の表現型と破壊された遺伝子を整理したデータベースです。

Rice Expression Database 「遺伝子発現モニタリング手法を利用した単離及び機能解明」プロジェクト
１９９９年４月から２００３年３月までイネゲノムプロジェクトの一環として進められたマイクロアレイプロジェクトにおいて８９８７ＥＳＴアレイを用いて解析された遺伝子発現データを集約したページ。

ROMS(Rice Microarray Openning Site) 「遺伝子発現モニタリング手法を利用した単離及び機能解明」プロジェクト
イネゲノムプロジェクトの一環として1999.4-2003.3に遂行されたマイクロアレイプロジェクトで作製されたイネ・マイクロアレイに関する情報伝達、提供のために作成されたサイトです。同プロジェクトで解析された遺伝子発現データも格納されています。

イネプロテオームデータベース「タンパク質の構造解析を利用した単離及び機能解明」プロジェクト
イネゲノムプロジェクトの一環として進められているイネプロテオームプロジェクトで収集された、組織・生育時期特異的に発現しているタンパク質のデータベースを公開しています。

イネタンパク質構造データベース
植物のタンパク質の立体構造のデータベースです。また、ゲノムにコードされる全タンパク質の配列データを解析した結果をまとめたGTOPデータベースへリンクしています。

イネ遺伝子機能予測データベース（試験公開）
「イネ・ゲノムシミュレーターの開発」プロジェクト

公的データベースの中のイネゲノムデータより遺伝子機能に関する予測情報を抽出し、それらをもとに各種ゲノム解析ツールを用いて得られた遺伝子機能情報を比較・選抜し、最終的に1つの遺伝子予測結果を決定する予測プログラムです。

Rice Mitochondrial Genome Page　イネミトコンドリアゲノム情報
ミトコンドリアゲノム関係のHP

インディカ品種カサラスのBACライブラリーBLAST検索サイト（RGP）
「イネゲノムの全塩基配列の解明」プロジェクト

RGPでは日本晴全塩基配列解析と平行して、インディカ品種カサラスのBACライブラリーを作成しました。カサラスはRGPの遺伝地図作成に用いた片方の親であり、多くの形質が日本晴-カサラス間の多型を利用してマップされています。
今回、このBACライブラリーの全クローンの両端の配列解析を行った結果をBLASTによる検索サイトとして公表しました。RGPのホームページからanalysis tools/検索サイトへ進み、自分の好きな配列を用いてBLAST検索が可能です。ヒットしたBAC-end sequenceはダウンロードも可能です。

PLACE
これまでに報告された植物のcis-acting regulatory DNA elementsのデータベースです。

Rice PIPELINE Unification tool for Rice functional genomics
「イネ・ゲノムシミュレーターの開発」プロジェクト

Rice PIPELINE は独立行政法人農業生物資源研究所が運営する複数のイネ関連データベースと、公共のイネ関連データベースのデータを統合し、１つの入り口から多くのデータベースへの検索を可能とした統合的なツールです。
Rice PIPELINEは公的に利用できる多くのイネデータを蓄積し、配列の相同性や、クローン名、アクセッション番号、キーワード等の様々な手段で遺伝子及びその機能の検索の実行を可能にすることにより、イネ遺伝子研究を促進するリソースを提供することを目的としています。

イネSNPsデータベース

一塩基多型（Single Nucleotide Polymorphisms, SNPs）は、染色体DNAの塩基配列上に存在する一塩基の差異を指します。このデータベースは、ジャポニカ・インディカを含む8品種（日本晴、コシヒカリ、アキヒカリ、いただき、キタアケ、戦捷、カサラス、広陸矮4号）と野生イネ１アクセッション（O.rufipogon， W1943）について、全染色体を網羅するSNP情報を格納しています。
このデータベースは研究目的に限りご自由に利用できます。
（イネSNPsデータベースは農林水産省イネゲノムプロジェクト(平成14～16年度、DM-2201)の中で作成されました。）

生物研ジーンバンク
これまでに収集されたイネなどの植物遺伝資源の来歴、特性情報を公開するとともに、それら遺伝資源の配布を行っています。

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