データベースおよび研究リソースの整備
カイコゲノム情報データは、平成２１年２月に日本と中国双方で解読したデータを東京大学のコンピュータープログラムでつなぎ合わせて、ほぼ完全な塩基配列情報としたものです。KAIKObase は統合化されたゲノムブラウザで、４つの地図ブラウザと１つの遺伝子ビューアから構成されてる。その他、カイコ EST 情報、 カイコ完全長cDNA情報 、カイコゲノアノーテーション情報、カイコプロテオーム情報などを整備している。
カイコESTデータベースはカイコの様々な組織や異なる発生段階の組織から作成された１００種類のcDNAライブラリーから得られた５０万個以上のESTを収集・分類し、自動アノーテーションがつけたものである。KAIKOGAAS はカイコゲノム解析用に設定された自動アノーテーションシステムで、このシステムは遺伝子予測とタンパク質コード領域の構造解析機能を持っている。含まれるソフトウェアは、コード領域予測プログラム、スプライスサイト予測プログラム、DNAシーケンスホモロジー検索プログラム、tRNA 遺伝子予測プログラム、繰り返し配列解析プログラム、膜タンパク質分類および二次構造予測プログラムを含んでいるす。カイコプロテオームデータベースはカイコの各遺伝子がいつどこで発現しているか、時系列的・網羅的に調べたものです。このデータベースは８つの主要組織で発現しているタンパク質を同定するばかりでなく、時系列的に成虫までの２２日間に渡って調査をしている。
カイコゲノム関連データベース
- カイコ統合ゲノム情報データベース (KAIKObase)
- カイコEST情報 (KAIKOcDNA)
- カイコゲノムデータBLAST検索 (KAIKOBLAST)
- カイコゲノムアノテーションデータベース (KAIKOGAAS)
- カイコプロテオームデータベース (KAIKO 2DDB)
- カイコ連座地図 (KAIKO Linkage Map)
- トランスポゾンミュータジェネシス系統データベース (Bombyx Trap)