食品害虫はその行動様式から、定住害虫、訪問害虫、迷入害虫の３グループに区分できます。

【定住害虫】食品を餌として繁殖する昆虫です。多くは貯穀害虫と呼ばれる水分含有量の低い乾燥食品を食害する小型の甲虫類や蛾類です。水分含有量の高い動物性食品を食害するチーズバエ、果実，発酵食品を食害するショウジョウバエ類が含まれます。

【来訪害虫】工場内やその周辺の環境から歩行や飛翔によって食品に到達し食害する昆虫です。ゴキブリ，ハエなどの衛生害虫やアリ，ハチが含まれます。

【迷入害虫】食品に対して偶然迷い込んでしまう不特定多数の昆虫類であり、トンボ，セミ，チョウ，様々な農業害虫が含まれます。

昆虫によっては複数のグループに区分される場合もあり、これらのグループ分けは厳密なものではありません。